玛纳斯河流域由于资源性缺水和生产生活用水不断加剧,水资源日益成为区域经济社会发展的制约因素。流域常规水资源开发利用程度已达95%以上,开发利用非常规水资源用于农业发展和生态环境建设已开始引起重视。当前开发利用非常规水资源(浅层地下咸水微咸水)用于农业和林业越来越普遍和深化,由于缺乏科学指导和合理开发,既造成地下水位下降、引起本已脆弱的自然生态环境退化,还造成土壤板结、引起生产力下降。通过分析区域非常规水资源开发利用现状,提出了科学发展观指导下区域非常规水资源咸水微咸水地下水资源合理有度开发和灌溉回归水高效开发用于生态恢复与重建的可持续对策。