目的建立中药指纹图谱不确定度和可靠度评价理论并用其评价二妙丸(Ermiao Wan,EMW)HPLC指纹图谱的不确定度和可靠度。方法采用RP-HPLC法测定EMW-HPLC指纹图谱,以系统指纹定量法综合评价12批EMW质量。结果以盐酸小檗碱(berberine hydrochloride,BBR)为参照物峰,确定55个共有指纹峰,建立了EMW-HPLC指纹图谱。用不确定度和可靠度评价EMW-HPLC对照指纹图谱和12批样品指纹图谱,EMW-HPLC对照指纹图谱的定性可靠度和定量可靠度均>0.95,表明对照指纹图谱反映的化学指纹数量和含量分布比例以及整体含量的可靠性很高。S2、S3和S7的定性和定量可靠度依次升高,表明其反映的化学指纹数量分布和含量分布与整体含量的可信性依次增强。质量为Ⅲ级的S8的定性定量可靠度均为0.98,而质量为Ⅱ级的S2的定性定量可靠度均为0.92,表明中药质量高低与可靠度不一定相关。结论所建立的不确定度评价方法能准确反映中药指纹图谱所代表质量的变动性,可靠度评价方法可准确评价对照指纹图谱和单批指纹图谱所表征的中药质量的定性和定量信息的可靠程度。