基于隐马尔可夫模型和免疫粒子群优化的多序列比对算法

被引：9

作者：

葛宏伟 ^{[1
]}

梁艳春 ^{[2
]}

机构：

[1] 吉林大学计算机科学与技术学院

[2] 吉林大学国家教育部符号计算与知识工程重点实验室

来源：

计算机研究与发展 | 2006年 / 08期

基金：

高等学校博士学科点专项科研基金; 国家自然科学基金重点项目;

关键词：

隐马尔可夫模型; 粒子群优化; 免疫系统; 多序列比对;

D O I：

暂无

中图分类号：

TP18 [人工智能理论];

学科分类号：

081104 ; 0812 ; 0835 ; 1405 ;

摘要：

序列的多重比对是生物序列分析研究中的一个重要内容·基于免疫系统的疫苗接种和受体编辑模型,结合粒子群优化方法提出了一种免疫粒子群优化算法,将该算法用于隐马尔可夫模型的学习过程,进而构建了一种基于隐马尔可夫模型和免疫粒子群优化的多序列比对算法·从BAliBASE比对数据库中选取了一些比对例子进行了模拟计算,并与Baum-Welch算法进行了比较·结果表明,所提出的方法不仅提高了比对的准确程度,而且缩减了比对所花费的时间·

引用

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