俄罗斯卡尔梅克共和国发酵蔬菜中细菌多样性研究

通过纯培养的方法结合16S rRNA测序技术对采集自俄罗斯卡尔梅克共和国埃利斯塔市郊的2份发酵蔬菜样品中的乳酸菌进行了分离、鉴定,并构建了系统发育树。经过鉴定,共从2份样品中获得了19株乳酸菌,分属于Lactobacillus(14株)、Pediococcus(3株)和Leuconostoc(2株),其中包括7株Lactobacillus plantarum;1株Lactobacillus brevis;2株Lactobacillus delbrueckii;1株Lactobacillus helveticus;1株Lactobacillus kefiranofaciens;2株Lactobacillus kefiri;1株Leuconostoc lactis;1株Leuconostoc mesenteroides;2株Pediococcus ethanolidurans;1株Pediococcus pentosaceus。此外,该研究以细菌16S rRNA的V1-V3区为靶序列,采用454焦磷酸测序技术从宏基因组角度对2份样品中细菌的丰度和多样性进行了分析,分别从2份样品中获得了10869和12204条高质量序列。经过与RDP(Ribosomal Database)数据库比对,发现隶属于硬壁菌门(Firmicutes)的乳杆菌属(Lactobacillus)和乳球菌属(Lactococcus)分别占到样品中细菌总数的91.66%和3.81%,成为绝对优势菌属。此外,还鉴定到了弧菌属(Vibrio)、片球菌属(Pediococcus)、肠球菌属(Enterococcus)、克鲁维菌属(Kluyvera)等。