[目的]了解上海市浦东新区5岁以下儿童腹泻病的病原谱构成、病原特征,为制定预防控制措施提供依据。[方法]对2012年2月—2013年1月浦东新区人民医院、儿童医学中心2家监测点医院的619例腹泻患儿进行个案调查,同时采集粪便标本进行肠道致病菌和病毒的检测。[结果]诺如病毒、轮状病毒、肠道腺病毒、扎如病毒、星状病毒的检出率分别为11.95%、7.27%、2.91%、1.45%、0.97%;致泻性大肠埃希菌、非伤寒沙门菌、弯曲菌、嗜水气单胞菌、志贺菌、小肠结肠炎耶尔森菌的检出率分别为5.65%、2.42%、0.81%、0.65%、0.48%、0.32%。病毒检出率8月至次年的3月为27.70%,高于其他月份的18.48%(χ2=7.18,P<0.05);细菌检出率4—10月为15.34%,远高于其他月份的3.15%(χ2=31.22,P<0.05)。[结论]诺如病毒为浦东新区5岁以下儿童病毒性腹泻的最主要病原,致泻性大肠埃希菌为细菌性腹泻的最主要病原。细菌性腹泻的防控应以夏秋季为重点,病毒性腹泻应以全年为重点。