基于陕西、甘肃、宁夏、内蒙、河南、山东6省(自治区)农户微观数据,依据制度能力三层次分析框架,采用OLS回归和分位数回归方法从知识资源、关系网络和动员能力三方面实证分析了制度能力对农田灌溉系统治理绩效的影响。研究表明,制度能力因素与农田灌溉系统治理绩效之间具有明显相关关系,知识资源、关系网络和动员能力对农田灌溉系统治理绩效存在显著正向作用。知识资源层次的灌溉设施供给制度和关系网络层次的农户使用灌溉设备支持力度对农田灌溉系统治理绩效影响不具有长效性;知识资源层次的灌溉设施维护制度、灌溉管理条例监督执行,关系网络层次的灌溉信息获取容易程度和动员能力层次的灌溉目标掌握情况及联户促进灌溉有关集体行动能力对农田灌溉系统治理绩效具有长效促进作用,且灌溉管理条例监督执行表现出"倒U"型变化的边际效应,村委会或水利协会对农户灌溉目标的掌握表现出"倒V"型变化的边际效应,村委会或水利协会通过联户促进灌溉有关集体行动能力表现出明显的后发优势。