水莎草以地下茎越冬,3月下旬开始在麦田萌发。单季晚稻大田先是前茬所残留的水莎草植株萌发新苗,然后是地下茎陆续萌发初生苗,初生苗不断萌生次生苗,7月中旬至8月下旬为发苗旺期。8月下旬开始形成新地下茎,9月上中旬为大量形成期。地下茎是主要繁殖器官,其繁殖力很强,但繁殖能力受到多种因素的影响,与水稻共生,繁殖量下降二分之一以上。地下茎萌发还需足够氧气,在稻田表层的萌发早、生长好、发苗多,在表土层下面的萌发迟、生长差、出苗少。3厘米以下不易出土。精耕细作和灌溉淹水不利地下茎萌发。控制水莎草早发苗,对防除十分重要。