荷斯坦牛耐热性RAPD和SCAR标记的研究

以52头高产耐热组和41头高产不耐热组中国荷斯坦牛的DNA为材料,选用200条RAPD引物,利用RAPD-PCR技术,对荷斯坦牛的耐热性进行研究。结果发现,使用S441引物和S463引物在高产耐热组中分别发现了581 bp（RAPD-S441标记）和680 bp（RAPD-S463标记）2条特异性片段。通过测序和序列比较显示:581 bp的片段与KCNN2基因的同源性达90%;680 bp片段与NW001024067.1|BtUnWGA94422的同源性达99%。根据已知KCNN2基因的功能,初步判断KCNN2基因为影响耐热性能的候选基因。得到GenBank登录号EF123743和EF123744。利用NCBI的ORF finder在581 bp中没有发现ORF,与预测其是KCNN2基因内含子3的结论相符合。在680 bp中发现4个开放阅读框（ORF）,分别为ORF1、ORF2、ORF3、ORF4。这4个阅读框分别编码48AA、34AA、45AA、34AA。根据RAPD-S441、RAPD-S463标记的测序结果,利用Premier 5.0软件设计对应的SCAR引物。成功将RAPD-S441标记转化为耐热SCAR标记。