基于偏最小二乘的原发性肝癌细胞遗传学异常区域识别方法

目的应用偏最小二乘法,并结合Fisher精确检验实现原发性肝癌细胞遗传学异常区域的识别。方法利用Chen等发布在SMD上的原发性肝癌基因表达数据库,运用偏最小二乘法中的变量投影重要性(Variable mportance inthe Project,VIP)指标筛选肝癌异常表达基因,根据基因在染色体上的定位,计算每条染色体上的上调、下调基因以及正常表达基因,运用Fisher精确检验识别有统计学意义的细胞遗传学异常区域。结果得到基因表达增强区域7个(1q,5q,6p,8q,12q,17q,20q),表达下调区域为8个(4q,8p,9p,12p,13q,16q,17p,21q),15个异常区域已全部由实验方法证实。结论与传统的实验方法和一些预测算法相比,偏最小二乘法结合Fisher精确检验能够有效、快速地识别染色体基因异常表达区域,灵敏度有了较大提高。