A systematic nomenclature of chromosomal elements for hemiascomycete yeasts

被引:13
作者
Durrens, P
Sherman, DJ
机构
[1] Univ Bordeaux 2, Ctr Bioinformat Bordeaux, F-33076 Bordeaux, France
[2] Univ Bordeaux 2, IBGC, CNRS, UMR 5095, F-33077 Bordeaux, France
[3] CNRS, UMR 5800, LaBRI, F-33405 Talence, France
关键词
genome; sequencing; Genolevures; comparative genomics; nomenclature;
D O I
10.1002/yea.1214
中图分类号
Q5 [生物化学]; Q7 [分子生物学];
学科分类号
071010 ; 081704 ;
摘要
We present a compact, stable, unambiguous and extensible nomenclature for unique chromosomal elements from genomic DNA, developed to meet the increasing need created by the increasing number of yeast sequencing projects. Our proposal, adopted for use in the Genolevures project, is specifically designed to facilitate basic tasks in comparative genomics. Copyright (c) 2005 John Wiley & Sons, Ltd.
引用
收藏
页码:337 / 342
页数:6
相关论文
共 19 条
[1]   The genome sequence of Drosophila melanogaster [J].
Adams, MD ;
Celniker, SE ;
Holt, RA ;
Evans, CA ;
Gocayne, JD ;
Amanatides, PG ;
Scherer, SE ;
Li, PW ;
Hoskins, RA ;
Galle, RF ;
George, RA ;
Lewis, SE ;
Richards, S ;
Ashburner, M ;
Henderson, SN ;
Sutton, GG ;
Wortman, JR ;
Yandell, MD ;
Zhang, Q ;
Chen, LX ;
Brandon, RC ;
Rogers, YHC ;
Blazej, RG ;
Champe, M ;
Pfeiffer, BD ;
Wan, KH ;
Doyle, C ;
Baxter, EG ;
Helt, G ;
Nelson, CR ;
Miklos, GLG ;
Abril, JF ;
Agbayani, A ;
An, HJ ;
Andrews-Pfannkoch, C ;
Baldwin, D ;
Ballew, RM ;
Basu, A ;
Baxendale, J ;
Bayraktaroglu, L ;
Beasley, EM ;
Beeson, KY ;
Benos, PV ;
Berman, BP ;
Bhandari, D ;
Bolshakov, S ;
Borkova, D ;
Botchan, MR ;
Bouck, J ;
Brokstein, P .
SCIENCE, 2000, 287 (5461) :2185-2195
[2]  
[Anonymous], 1998, SCIENCE, V282, P2012
[3]  
*CTR GEN RES, FUS GRAM SEQ PROJ
[4]  
*CTR GEN RES, ASP SEQ PROJ
[5]  
DEAN R, MAGNAPORTHE SEQUENCI
[6]   The Ashbya gossypii genome as a tool for mapping the ancient Saccharomyces cerevisiae genome [J].
Dietrich, FS ;
Voegeli, S ;
Brachat, S ;
Lerch, A ;
Gates, K ;
Steiner, S ;
Mohr, C ;
Pöhlmann, R ;
Luedi, P ;
Choi, SD ;
Wing, RA ;
Flavier, A ;
Gaffney, TD ;
Phillippsen, P .
SCIENCE, 2004, 304 (5668) :304-307
[7]   Genome evolution in yeasts [J].
Dujon, B ;
Sherman, D ;
Fischer, G ;
Durrens, P ;
Casaregola, S ;
Lafontaine, I ;
de Montigny, J ;
Marck, C ;
Neuvéglise, C ;
Talla, E ;
Goffard, N ;
Frangeul, L ;
Aigle, M ;
Anthouard, V ;
Babour, A ;
Barbe, V ;
Barnay, S ;
Blanchin, S ;
Beckerich, JM ;
Beyne, E ;
Bleykasten, C ;
Boisramé, A ;
Boyer, J ;
Cattolico, L ;
Confanioleri, F ;
de Daruvar, A ;
Despons, L ;
Fabre, E ;
Fairhead, C ;
Ferry-Dumazet, H ;
Groppi, A ;
Hantraye, F ;
Hennequin, C ;
Jauniaux, N ;
Joyet, P ;
Kachouri, R ;
Kerrest, A ;
Koszul, R ;
Lemaire, M ;
Lesur, I ;
Ma, L ;
Muller, H ;
Nicaud, JM ;
Nikolski, M ;
Oztas, S ;
Ozier-Kalogeropoulos, O ;
Pellenz, S ;
Potier, S ;
Richard, GF ;
Straub, ML .
NATURE, 2004, 430 (6995) :35-44
[8]   The genome sequence of the filamentous fungus Neurospora crassa [J].
Galagan, JE ;
Calvo, SE ;
Borkovich, KA ;
Selker, EU ;
Read, ND ;
Jaffe, D ;
FitzHugh, W ;
Ma, LJ ;
Smirnov, S ;
Purcell, S ;
Rehman, B ;
Elkins, T ;
Engels, R ;
Wang, SG ;
Nielsen, CB ;
Butler, J ;
Endrizzi, M ;
Qui, DY ;
Ianakiev, P ;
Pedersen, DB ;
Nelson, MA ;
Werner-Washburne, M ;
Selitrennikoff, CP ;
Kinsey, JA ;
Braun, EL ;
Zelter, A ;
Schulte, U ;
Kothe, GO ;
Jedd, G ;
Mewes, W ;
Staben, C ;
Marcotte, E ;
Greenberg, D ;
Roy, A ;
Foley, K ;
Naylor, J ;
Stabge-Thomann, N ;
Barrett, R ;
Gnerre, S ;
Kamal, M ;
Kamvysselis, M ;
Mauceli, E ;
Bielke, C ;
Rudd, S ;
Frishman, D ;
Krystofova, S ;
Rasmussen, C ;
Metzenberg, RL ;
Perkins, DD ;
Kroken, S .
NATURE, 2003, 422 (6934) :859-868
[9]   Genome sequence of the human malaria parasite Plasmodium falciparum [J].
Gardner, MJ ;
Hall, N ;
Fung, E ;
White, O ;
Berriman, M ;
Hyman, RW ;
Carlton, JM ;
Pain, A ;
Nelson, KE ;
Bowman, S ;
Paulsen, IT ;
James, K ;
Eisen, JA ;
Rutherford, K ;
Salzberg, SL ;
Craig, A ;
Kyes, S ;
Chan, MS ;
Nene, V ;
Shallom, SJ ;
Suh, B ;
Peterson, J ;
Angiuoli, S ;
Pertea, M ;
Allen, J ;
Selengut, J ;
Haft, D ;
Mather, MW ;
Vaidya, AB ;
Martin, DMA ;
Fairlamb, AH ;
Fraunholz, MJ ;
Roos, DS ;
Ralph, SA ;
McFadden, GI ;
Cummings, LM ;
Subramanian, GM ;
Mungall, C ;
Venter, JC ;
Carucci, DJ ;
Hoffman, SL ;
Newbold, C ;
Davis, RW ;
Fraser, CM ;
Barrell, B .
NATURE, 2002, 419 (6906) :498-511
[10]   Life with 6000 genes [J].
Goffeau, A ;
Barrell, BG ;
Bussey, H ;
Davis, RW ;
Dujon, B ;
Feldmann, H ;
Galibert, F ;
Hoheisel, JD ;
Jacq, C ;
Johnston, M ;
Louis, EJ ;
Mewes, HW ;
Murakami, Y ;
Philippsen, P ;
Tettelin, H ;
Oliver, SG .
SCIENCE, 1996, 274 (5287) :546-&