Standardizing the standards

被引：15

作者：

Quackenbush, John ^{[1
]}

机构：

[1] Dana Farber Canc Inst, Dept Biostat & Computat Biol, Boston, MA 02115 USA

[2] Harvard Univ, Sch Publ Hlth, Dept Biostat, Boston, MA 02115 USA

来源：

MOLECULAR SYSTEMS BIOLOGY | 2006年 / 2卷 / 1期

关键词：

D O I：

10.1038/msb4100052

中图分类号：

Q5 [生物化学]; Q7 [分子生物学];

学科分类号：

071010 ; 081704 ;

摘要：

引用

页数：3

共 15 条

[1] Submission of microarray data to public repositories [J].

Ball, CA ;

Brazma, A ;

Causton, H ;

Chervitz, S ;

Edgar, R ;

Hingamp, P ;

Matese, JC ;

Parkinson, H ;

Quackenbush, J ;

Ringwald, M ;

Sansone, SA ;

Sherlock, G ;

Spellman, P ;

Stoeckert, C ;

Tateno, Y ;

Taylor, R ;

White, J ;

Winegarden, N .

PLOS BIOLOGY, 2004, 2 (09) :1276-1277

[2] An open letter to the scientific journals [J].

Ball, CA ;

Sherlock, G ;

Parkinson, H ;

Rocca-Sera, P ;

Brooksbank, C ;

Causton, HC ;

Cavalieri, D ;

Gaasterland, T ;

Hingamp, P ;

Holstege, F ;

Ringwald, M ;

Spellman, P ;

Stoeckert, CJ ;

Stewart, JE ;

Taylor, R ;

Brazma, A ;

Quackenbush, J .

BIOINFORMATICS, 2002, 18 (11) :1409-1409

[3] Minimum information about a microarray experiment (MIAME) - toward standards for microarray data [J].

Brazma, A ;

Hingamp, P ;

Quackenbush, J ;

Sherlock, G ;

Spellman, P ;

Stoeckert, C ;

Aach, J ;

Ansorge, W ;

Ball, CA ;

Causton, HC ;

Gaasterland, T ;

Glenisson, P ;

Holstege, FCP ;

Kim, IF ;

Markowitz, V ;

Matese, JC ;

Parkinson, H ;

Robinson, A ;

Sarkans, U ;

Schulze-Kremer, S ;

Stewart, J ;

Taylor, R ;

Vilo, J ;

Vingron, M .

NATURE GENETICS, 2001, 29 (04) :365-371

[4]

Finney A, 2003, BIOCHEM SOC T, V31, P1472

[5] The HUPOPSI's Molecular Interaction format - a community standard for the representation of protein interaction data [J].

Hermjakob, H ;

Montecchi-Palazzi, L ;

Bader, G ;

Wojcik, R ;

Salwinski, L ;

Ceol, A ;

Moore, S ;

Orchard, S ;

Sarkans, U ;

von Mering, C ;

Roechert, B ;

Poux, S ;

Jung, E ;

Mersch, H ;

Kersey, P ;

Lappe, M ;

Li, YX ;

Zeng, R ;

Rana, D ;

Nikolski, M ;

Husi, H ;

Brun, C ;

Shanker, K ;

Grant, SGN ;

Sander, C ;

Bork, P ;

Zhu, WM ;

Pandey, A ;

Brazma, A ;

Jacq, B ;

Vidal, M ;

Sherman, D ;

Legrain, P ;

Cesareni, G ;

Xenarios, L ;

Eisenberg, D ;

Steipe, B ;

Hogue, C ;

Apweiler, R .

NATURE BIOTECHNOLOGY, 2004, 22 (02) :177-183

[6] The systems biology markup language (SBML):: a medium for representation and exchange of biochemical network models [J].

Hucka, M ;

Finney, A ;

Sauro, HM ;

Bolouri, H ;

Doyle, JC ;

Kitano, H ;

Arkin, AP ;

Bornstein, BJ ;

Bray, D ;

Cornish-Bowden, A ;

Cuellar, AA ;

Dronov, S ;

Gilles, ED ;

Ginkel, M ;

Gor, V ;

Goryanin, II ;

Hedley, WJ ;

Hodgman, TC ;

Hofmeyr, JH ;

Hunter, PJ ;

Juty, NS ;

Kasberger, JL ;

Kremling, A ;

Kummer, U ;

Le Novère, N ;

Loew, LM ;

Lucio, D ;

Mendes, P ;

Minch, E ;

Mjolsness, ED ;

Nakayama, Y ;

Nelson, MR ;

Nielsen, PF ;

Sakurada, T ;

Schaff, JC ;

Shapiro, BE ;

Shimizu, TS ;

Spence, HD ;

Stelling, J ;

Takahashi, K ;

Tomita, M ;

Wagner, J ;

Wang, J .

BIOINFORMATICS, 2003, 19 (04) :524-531

[7] A uniform proteomics MS/MS analysis platform utilizing open XML file formats [J].

Keller, Andrew ;

Eng, Jimmy ;

Zhang, Ning ;

Li, Xiao-jun ;

Aebersold, Ruedi .

MOLECULAR SYSTEMS BIOLOGY, 2005, 1 (1) :2005.0017

[8] Summary recommendations for standardization and reporting of metabolic analyses [J].

Lindon, JC ;

Nicholson, JK ;

Holmes, E ;

Keun, HC ;

Craig, A ;

Pearce, JTM ;

Bruce, SJ ;

Hardy, N ;

Sansone, SA ;

Antti, H ;

Jonsson, P ;

Daykin, C ;

Navarange, M ;

Beger, RD ;

Verheij, ER ;

Amberg, A ;

Baunsgaard, D ;

Cantor, GH ;

Lehman-McKeeman, L ;

Earll, M ;

Wold, S ;

Johansson, E ;

Haselden, JN ;

Kramer, K ;

Thomas, C ;

Lindberg, J ;

Schuppe-Koistinen, I ;

Wilson, ID ;

Reily, MD ;

Robertson, DG ;

Senn, H ;

Krotzky, A ;

Kochhar, S ;

Powell, J ;

van der Ouderaa, F ;

Plumb, R ;

Schaefer, H ;

Spraul, M .

NATURE BIOTECHNOLOGY, 2005, 23 (07) :833-838

[9] CeIIML: its future, present and past [J].

Lloyd, CM ;

Halstead, MDB ;

Nielsen, PF .

PROGRESS IN BIOPHYSICS & MOLECULAR BIOLOGY, 2004, 85 (2-3) :433-450

[10] Common interchange standards for proteomics data: Public availability of tools and schema [J].

Orchard, S ;

Hermjakob, H ;

Julian, RK ;

Runte, K ;

Sherman, D ;

Wojcik, J ;

Zhu, WM ;

Apweiler, R .

PROTEOMICS, 2004, 4 (02) :490-491

← 1 2 →