微卫星标记（SSR）用于亚洲栽培稻的分类研究

在长期的选择进化过程中，亚洲栽培稻形成了丰富的变异类型，我国是亚洲栽培稻起源地之一，稻作历史悠久，种质资源非常繁多，为了便于整理归类丰富的稻种资源，使之更好地为育种工作服务，必须建立一个完善的分类体系。关于亚洲栽培稻的分类，各学者都从不同的角度和深度进行了尝试，亚洲栽培稻分为籼(Indica)、粳(Japonica)两大类，是大家公认的事实，但无论传统方法还是现代方法都未能确立分类的统一标准，并且，长期以来，分类方法繁杂，不利于实际利用。随着生物技术的不断发展，特别是水稻基因组计划的完成，分子标记结合形态性状已成为简化籼粳分类方法的趋势。 SSR多态性的非常丰富，它既具备RFLP的遗传学优点，又比RAPD重复性和可信度高，因而是目前遗传标记研究中的热点，加上它在水稻中分布很广泛，研究方法比较成熟，因而也是进行水稻籼粳分类的一种理想标记。本试验就是利用SSR技术进行亚洲栽培稻的籼粳分类，重点在于确定中间类型和云南光壳稻的分类归属问题。 随机选取来自于广东、云南、黑龙江等省的75份亚洲栽培稻品种，用放大镜观察其籽粒特性，根据稃毛长短及其分布以及籽粒形状初步进行籼粳分类，将供试材料分为典型籼稻、典型粳稻、光壳稻、以及难辨材料四类。稃毛长且集中在颖尖，籽粒偏向于短圆形，记为典型粳稻；稃毛短，均匀分布于颖壳表面，籽粒细长，记为典型籼稻；颖壳表面光滑或者颖毛极其希少，记为光壳稻；介于以上标准之间的为难辨材料。对遍布于水稻染色体组的120对SSR引物的多态性进行了筛选，实验表明，80％的引物具有多态性，从中随机选取31对遍布于水稻整个染色体组的SSR引物，对这四类材料进行遗传背景检测，结果表明，水稻微卫星变异遍布整个染色体组，遗传多样性分析和S-PLUS聚类结果都表明，水稻的籼粳分化是水稻品种演变的主流。实验筛选到三个特殊的SSR标记，可以作为鉴别籼稻和粳稻及其中间类型的遗传标记，SSR分类结果和根据稃毛和粒型分类的结果一致，光壳稻属于粳稻群的一个亚类。实验结果说明SSR技术可以用于水稻籼粳分类，并能对材料进行准确的细分，确定中间类型偏籼还是偏粳，实践应用中，还可以根据颖毛和粒形对材料的籼粳进行快速鉴别。 同时，本实验对光壳稻的分类问题进行了探讨，可以为广亲和性材料的来源和鉴别提供参考，同时为亚洲栽培稻的起源和演化分析提供依据，遗传多样性分析和聚类结果，支持以下亚洲栽培稻演化途径： 原始普通野生稻↗粳稻和光壳稻 ↘籼稻