内蒙古贺兰山国家级自然保护区是内蒙古比较早建立的国家级自然保护区之一，是一个以保护野生动、植物和水源涵养林为主的自然保护区。是我国西北地区温带干旱、半干旱草原区与荒漠区的过渡带，也是重要的气候和植被的分界线。对本保护区植物区系和资源进行研究的结果如下：
保护区野生维管植物有578种（含种下等级，下同），隶属72科264属，其中蕨类植物8科8属10种；种子植物64科256属568种。优势科为禾本科、菊科、豆科、蔷薇科、毛茛科、石竹科，所含种数占保护区植物总种数的50％；蒿属、苔草属、委陵菜属、早熟禾属、黄芪属、铁线莲属、葱属为优势属，含种数占保护区植物总种数的17.78％。
保护区植物区系表征科分别是蒺藜科、石竹科、毛茛科、罂粟科、蓼科、龙胆科、报春花科、蔷薇科、藜科和百合科。
分布区类型而言，科级成分中世界广布科有33科，温带性质的科有17科，热带性质的科有14科；在属级成分当中，本保护区植物属共分14个分布区类型及17个变型，其中温带分布型有199属，世界分布型有33属，热带分布型有19属。
由于生境的多样化,这里具有丰富的植物生活型,草本植物具有明显的优势，共457种，占保护区植物总种数的80.45％，灌木和乔木有109种，寄生植物有2种；水分生态类型多样,以中生植物占绝对优势，共350种，占总种数的61.62％，其次是旱生植物206种，湿生植物只有12种。
中国特有分布属有5属，分别是虎榛子属、莲蕊芥属、阴山荠属、文冠果属和紊蒿属。有内蒙古贺兰山特有种68种、1亚种、8变种，贺兰山特有植物有4种2变种。
该保护区植物区系植物种类丰富，区系的优势现象明显、植物区系主要以温带性质为主、区系成分新老兼备，以年轻性为主、区系特有程度比较高。
内蒙古贺兰山国家级自然保护区与邻近地区植物区系有着不同程度的联系，植物区系的相似性系数均在55％以上，与阿拉善荒漠区的植物区系亲缘关系最近，相似性系数为76.84％，依次为大青山，相似性系数为63.97％、与赛罕乌拉保护区的相似性系数为59.80％。
保护区野生植物资源按用途可分为食用、饲用、药用、工业用、环保用、有毒植物资源和珍稀植物资源7大类，再细分为25小类。野生食用植物有137种（含种下等级，下同），饲用植物有370种，药用植物243种，工业用植物104种，环保植物129种，有毒植物65种，珍稀植物51种。
该研究结果为保护区的科学管理和野生植物资源的保护与合理利用提供了科学依据。
