10828条籼稻全长cDNA的分离和注释

被引：10

作者：

谢卡斌

张建伟

向勇

冯旗

韩斌

储昭晖

王石平

张启发

熊立仲

机构：

[1] 华中农业大学作物遗传改良国家重点实验室国家植物基因研究中心,华中农业大学作物遗传改良国家重点实验室国家植物基因研究中心,华中农业大学作物遗传改良国家重点实验室国家植物基因研究中心,中国科学院国家基因研究中心,中国科学院国家基因研究中心,华中农业大学作物遗传改良国家重点实验室国家植物基因研究中心,华中农业大学作物遗传改良国家重点实验室国家植物基因研究中心,华中农业大学作物遗传改良国家重点实验室国家植物基因研究中心,华中农业大学作物遗传改良国家重点实验室国家植物基因研究中心武汉,武汉,武汉,上海,上海,武汉,武

来源：

中国科学C辑:生命科学 | 2005年 / 01期

关键词：

水稻; 籼稻; 功能基因组;

D O I：

暂无

中图分类号：

S511.21 [];

学科分类号：

0901 ;

摘要：

全长cDNA对基因组学和蛋白质组学研究有着非常重要的价值.以分离籼稻基因组全长cDNA为目标,从优良的籼稻恢复系明恢63中分离到10828条非冗余的全长cDNA,其中780条是新的水稻表达序列.所得到的全长cDNA至少满足以下两个条件之一:(i)5’端序列包含粳稻日本晴的全长cDNA所预测的完整的ORF(9078条);(ii)包含同源蛋白质对应的完整N末端编码序列(6543条).在分离到的全长cDNA中,53%的序列比报道的粳稻全长cDNA有更长的5’端非翻译区(5’UTR);90.28%(9776条)的序列能定位到粳稻基因组序列上,92.78%(10046条)的序列可以定位到籼稻基因组序列上;8216条序列能与日本晴的全长cDNA序列定位到粳稻基因组序列的同一位置上,籼粳间cDNA序列的平均相似性为99.2%;90%以上的全长cDNA能进行GO (gene ontology)分类.在780条新的cDNA中,60%以上的找不到任何同源蛋白序列.

引用

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页数：7

共 2 条

[1] 水稻全生育期均一化cDNA文库的构建和鉴定 [J].

储昭晖 ;

彭开蔓 ;

张利达 ;

周斌 ;

魏君 ;

王石平 .

科学通报, 2002, (21) :1656-1662

[2]

Functional annotation of a full-length mouse cDNA collection .2 Kawai J,Shinagawa A,Shibata K,et al. Nature . 2001

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