水稻全生育期均一化cDNA文库的构建和鉴定

被引：21

作者：

储昭晖

彭开蔓

张利达

周斌

魏君

王石平

机构：

[1] 华中农业大学作物遗传改良国家重点实验室

[2] 国家农作物分子技术育种中心

[3] 国家农作物分子技术育种中心国家农作物分子技术育种中心

[4] 武汉

来源：

科学通报 | 2002年 / 21期

关键词：

水稻; 均一化; cDNA文库; 测序; DNA芯片; 全生育期;

D O I：

暂无

中图分类号：

S511 [稻];

学科分类号：

0901 ;

摘要：

以优良杂交水稻的恢复系明恢63为材料,构建覆盖水稻基因组的cDNA文库,用于功能基因组的研究.选择水稻全生育期过程中的9个时期的不同组织和病原诱导的组织分别构建了15个定向cDNA文库.依据基因组DNA饱和杂交的原理,将从15个独立的cDNA文库中提取的质粒混合,并与固定在磁珠上具有互补性的2份基因组DNA亲和体系饱和杂交,收集杂交组分中的质粒并重新转化大肠杆菌,获得全生育期均一化cDNA文库.该文库平均插入片段1.4 kb,含62000个克隆子.反向Northern杂交显示,该文库收集了众多表达丰度极低的基因以及特异表达的基因.对文库中随机的10750个克隆进行了测序,序列分析比较后获得6399条非重复的EST(expressed sequence tag)序列,非重复序列占59.5％,.目前,用该文库制作的cDNA芯片已被用于功能基因组的研究.

引用

页码：1656 / 1662

页数：7

共 9 条

[1] 优良水稻品种“明恢63”BAC文库的构建 [J].

彭开蔓 ;

张洪斌 ;

张启发 .

植物学报, 1998, (12) :25-31

[2]

Toward the Gene Catalogue of Sea Urchin Development: The Construction and Analysis of an Unfertilized Egg cDNA Library Highly Normalized by Oligonucleotide Fingerprinting[J] . Albert J. Poustka,Ralf Herwig,Antje Krause,Steffen Hennig,Sebastian Meier-Ewert,Hans Lehrach.Genomics . 1999 (2)

[3] A large-scale in situ hybridization system using an equalized cDNA library [J].

Komiya, T ;

Tanigawa, Y ;

Hirohashi, S .

ANALYTICAL BIOCHEMISTRY, 1997, 254 (01) :23-30

[4] Large-scale EST sequencing in rice [J].

Kimiko Yamamoto ;

Takuji Sasaki .

Plant Molecular Biology, 1997, 35 :135-144

[5] Construction of a normalized directionally cloned cDNA library from adult heart and analysis of 3040 clones by partial sequencing [J].

Tanaka, T ;

Ogiwara, A ;

Uchiyama, I ;

Takagi, T ;

Yazaki, Y ;

Nakamura, Y .

GENOMICS, 1996, 35 (01) :231-235

[6]

Gene-Representing cDNA Clusters Defined by Hybridization of 57,419 Clones from Infant Brain Libraries with Short Oligonucleotide Probes[J] . S. Drmanac,N.A. Stavropoulos,I. Labat,J. Vonau,B. Hauser,M.B. Soares,R. Drmanac.Genomics . 1996 (1)

[7]

Nuclear DNA content of some important plant species[J] . K. Arumuganathan,E. D. Earle.Plant Molecular Biology Reporter . 1991 (3)

[8] GENETIC DIVERSITY AND DIFFERENTIATION OF INDICA AND JAPONICA RICE DETECTED BY RFLP ANALYSIS [J].

ZHANG, QF ;

MAROOF, MAS ;

LU, TY ;

SHEN, BZ .

THEORETICAL AND APPLIED GENETICS, 1992, 83 (04) :495-499

[9]

Sambrook,J,Fritsch,EF,Maniatis,T. Molecular Cloning: A laboratory Manual . 1989

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