稻瘟病菌阅读框架中SSR频率、分布及所在基因功能

被引：11

作者：

李成云

李进斌

周晓罡

张绍松

董爱荣

许明辉

机构：

[1] 云南省农业科学院生物技术研究所,农业部南方高原农业生物技术重点实验室,云南省农业科学院植物保护研究所,云南省农业科学院生物技术研究所,农业部南方高原农业生物技术重点实验室,云南省农业科学院生物技术研究所,农业部南方高原农业生物技术重点实验室,云南省农业科学院生物技术研究所,农业部南方高原农业生物技术重点实验室,云南省农业科学院生物技术研究所,农业部南方高原农业生物技术重点实验室云南昆明,云南昆明,云南昆明,云南昆明,云南昆明

[2] ,云南昆明

来源：

中国水稻科学 | 2005年 / 02期

关键词：

稻瘟病菌; 基因组; 微卫星序列; 分布; 蛋白质编码区; 功能基因组学;

D O I：

10.16819/j.1001-7216.2005.02.014

中图分类号：

S435.11 [稻病虫害];

学科分类号：

090401 ; 090402 ;

摘要：

在对稻瘟病菌基因组中SSR分布进行了系统分析的基础上,对由1～6个碱基为重复单元的SSR在基因的蛋白质编码区中的分布进行了分析。结果表明,该病原菌的2 378 个基因的编码区中共分布有3 240 个SSR序列(标准是15bp以上,匹配值为80%)。在已经有注释的4 732个基因中,861个基因的编码区中有SSR。编码区中的SSR以三碱基重复和六碱基重复为主,其他类型的SSR则很少在编码区中出现。SSR在这些基因中很少有保守性,表明这些基因的高度变异,或者起源是较晚的。含有SSR的基因多为转录蛋白、信号传导的细胞调节基因这一现象表明,SSR在物种形成过程中有重要作用。利用基因编码区中丰富的SSR序列信息及其变化带来的功能变化的信息,将可以在该菌功能基因组的研究中发挥十分重要的作用。

引用

页码：167 / 173

页数：7

共 8 条

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