目的对中国不同自然隔离群的日本血吸虫线粒体DNA进行遗传变异的研究,为中国日本血吸虫地域株的划分提供依据。方法采用聚合酶链反应(PCR)技术对中国7省11地日本血吸虫的线粒体NADH脱氢酶1(ND1)和细胞色素C氧化酶1(CO1)基因片段进行扩增,将扩增产物测序,计算序列遗传距离(D)。用SAS统计分析软件绘制聚类图。结果两片段PCR扩增产物分子量分别为450与470左右;其中中国大陆与中国台湾日本血吸虫之间的D为0.1710~0.5003;中国大陆各地域株之间D为0~0.4179;中国大陆山区型日本血吸虫之间D为0;中国大陆湖沼洲滩型日本血吸虫株之间D为0.0451~0.1481;湖北省境内5个不同地域株之间D为0~0.0112。结论中国日本血吸虫在线粒体DNA水平上至少可分为不同层次的5类:①中国台湾;②云南洱源、四川天全;③湖北5地;④安徽贵池、湖南岳阳、江西新建。其中①与其它余几类在总体上可分为两大类。