利用非线性降维方法预测膜蛋白类型

被引：27

作者：

徐志节

杨杰

王猛

机构：

[1] 上海交通大学模式识别与图像处理研究所

[2] 上海交通大学模式识别与图像处理研究所上海

[3] 上海

来源：

上海交通大学学报 | 2005年 / 02期

关键词：

膜蛋白; 非线性降维; 局部线性映射; 蛋白质组学; 生物信息学;

D O I：

暂无

中图分类号：

Q51 [蛋白质];

学科分类号：

070307 [化学生物学];

摘要：

将氨基酸的组成含量以及它们之间的相关系数作为膜蛋白序列的特征向量,采用有监督的局部线性映射(SLLE)的方法对该向量进行降维,并使用最简单的欧氏距离分类器来预测膜蛋白类型.利用统计学中Self-consistency,Jackknife和Independentdataset3种典型方法检验SLLE的降维结果,取得了明显的效果.试验结果表明,SLLE算法能够成功地预测膜蛋白数据类型.

引用

页码：279 / 283

页数：5