目的了解2008—2011年河南省手足口病(HFMD)的病原体型别及分布特征。方法于2008—2011年收集河南省各市级CDC门诊就诊和住院的30 486例HFMD患儿的粪便、肛拭子或咽拭子标本,共30 486份。采用RT-PCR、实时荧光RT-PCR法对河南省临床诊断HFMD患者标本进行肠道病毒71型(EV71)、柯萨奇病毒A组16型(CA16)和其他肠道病毒核酸检测及病毒分离鉴定;扩增EV71分离株VP1区基因并测定序列,利用生物信息学软件分析序列,构建序列遗传进化树。结果 30 486例患者中实验室诊断17 876例,EV71、CA16和其他肠道病毒阳性率分别为62.70%(11 209/17 876)、12.03%(2150/17 876)、25.27%(4517/17 876),差异有统计学意义(χ2=157.17,P<0.05)。男性EV71、CA16、其他肠道病毒阳性率分别为63.40%(7370/11 624)、11.58%(1346/11 624)、25.02%(2908/11 624);女性分别为61.40%(3839/6252)、12.86%(804/6252)、25.74%(1609/6252),性别间差异有统计学意义(χ2=4.06,P<0.05)。5岁以下儿童为HFMD的高危人群,占实验室诊断病例的97.67%(17 459/17 876);其中1~3岁儿童患者最多,占诊断病例的86.92%(15 537/17 876)。EV71构成比随季节而发生变化,4—6月份较高,5月份高达69.34%(2384/3438)。实验室诊断6929例重症患者中的82.48%(5715/6929)为EV71感染,1.76%(122/6929)为CA16感染,15.76%(1092/6929)为其他肠道病毒感染,EV71感染率明显高于CA16和其他肠道病毒(χ2值分别为9259.17、6170.81,P值均<0.05)。重症患者中死亡117例,实验室诊断55例,诊断率为47.01%,以EV71感染为主(50例)。遗传进化分析显示,EV71毒株VP1基因属于C基因型的C4亚型。结论河南省HFMD主要病原是EV71和CA16;EV71病毒为优势流行株,属于C基因型的C4亚型。