河南省手足口病例肠道病毒71型分离株的全基因组序列分析

被引：6

作者：

张绍丽 ^{[1
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许汴利 ^{[2
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郭万申 ^{[2
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陈立 ^{[3
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卫海燕 ^{[2
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杜燕华 ^{[2
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李幸乐 ^{[2
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机构：

[1] 郑州大学公共卫生学院

[2] 河南省疾病预防控制中心

[3] 中国疾病预防控制中心

来源：

中华流行病学杂志 | 2009年 / 09期

关键词：

肠道病毒71型; 全基因组; 序列分析;

D O I：

暂无

中图分类号：

R72 [儿科学];

学科分类号：

100202 ;

摘要：

目的对2008年河南省手足口病患者体内分离的肠道病毒71型(EV71)进行全基因组核苷酸序列测定。方法采用RT-PCR扩增覆盖全基因组的8个重叠基因片段,双向测序,DNAStar软件中的MegAlign等软件进行同源性分析,MEGA3软件进行进化树分析和做图。结果8个重叠基因片段序列拼接得到EV71全基因组序列,共7405个核苷酸,与其他EV71病毒基因组构成相似,在非编码区有核苷酸的插入和缺失。同源性分析:在P1区,HENAN08株与安徽株(AnhuiFY08)、深圳株(SHZH98和SHZH03)、浙江株(Zhejiang08)等毒株的核苷酸和氨基酸同源性分别大于91%和97%;与标准株(BrCr)和台湾流行株(TW2086)的核苷酸和氨基酸同源性分别大于75%和82%;与CoxsackievirusA16(Cox.A16)的同源性最低,为68.7%和79.6%。在P2和P3区,HENAN08株与其他国内EV71株的同源性均较高,而与BrCr以及TW2086的同源性低于Cox.A16。P1区遗传进化分析表明:HENAN08株与AnhuiFY08和Zhejiang08的进化关系都密切,与Cox.A16疏远。结论HENAN08属EV71病毒的C4亚型,与AnhuiFY08、Zhejiang08和SHZH03进化途径类同。

引用