灰盖鬼伞基因组中微卫星序列的组成

被引：30

作者：

刘林 ^{[1
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李成云 ^{[1
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杨静 ^{[1
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业艳芬 ^{[1
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李进斌 ^{[2
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周晓罡 ^{[3
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王云月 ^{[1
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朱有勇 ^{[1
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机构：

[1] 云南农业大学教育部生物多样性与病虫害控制重点实验室

[2] 云南省农业科学院农业环境资源研究所

[3] 云南省农业科学院生物技术研究所

来源：

西南农业学报 | 2006年 / 01期

关键词：

微卫星或简单重复序列; 频率; 分布; 分子标记;

D O I：

暂无

中图分类号：

Q943 [植物细胞遗传学];

学科分类号：

071007 [遗传学];

摘要：

本研究利用已公布的灰盖鬼伞基因组测序结果,对该真菌基因组中的微卫星(microsatellite)或简单重复序列(simplesequence repeats,SSRs)进行了系统分析。结果表明,在已公布的36.2 Mb的基因组序列中,共有7 859个SSR序列(长度大于15bp,匹配值大于80%)。SSR的碱基总数达143 kb,约占整个基因组碱基数的0.40%,平均4.61 kb中就有1个大于15 bp的SSR序列。其中数量最多的是3碱基SSR,数量达到3 033个,其次为6碱基重复序列(2 121个)、5碱基重复序列(1 820个),这3种SSR总数达6 974个,占SSR总数的84.9%,单碱基重复序列数量最少,仅有285个。与子囊菌中的稻瘟病菌和粗糙脉孢菌相比,灰盖鬼伞菌基因组中每百万碱基中的SSR数量和密度都较小。这些研究结果可为该担子菌基因组的特征描述、注释及分子标记的筛选提供基础信息。

引用

页码：131 / 135

页数：5

共 6 条

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