基于全长转录组测序的水杉SSR序列分析

被引：13

作者：

张咏祀

刘小红

机构：

[1] 西华师范大学生命科学学院西南野生动植物资源保护教育部重点实验室

来源：

分子植物育种 | 2019年 / 17卷 / 23期

关键词：

水杉(Metasequoia glyptostroboides); 全长转录组; 序列分析; SSR;

D O I：

暂无

中图分类号：

S791.35 [水杉];

学科分类号：

090702 [森林培育];

摘要：

水杉是中国著名的一级保护植物,为了充分开发和利用这一重要种质资源,本研究在水杉全长转录组测序的基础上,对水杉SSR (Simple sequence repeat)序列进行了详细序列分析。共发现SSR序列16 227个,其中以单核苷酸为重复单位的最多,达到10 290个,长度介于10～50 nt的为绝大部分,达到总数的96.1%,其余为51～315 nt,仅占3.9%。以二、三、四、五和六核苷酸为重复单位的SSR序列分别有1 156、1 789、25、11、54个,长度范围分别于介于12～58 nt、15～60 nt、20～44 nt、25～30 nt和30～36 nt。此外,还发现有2 902个复杂SSR序列,长度介于21～4 760 nt。该结果为水杉SSR分子标记开发和水杉基因资源的保护利用提供了分子依据。

引用

页码：7817 / 7821

页数：5

共 8 条

[1]

三代测序PacBio在转录组研究中的应用 [J].

钟伟民 ;

张兴坦 ;

赵茜 ;

马东娜 ;

唐海宝 .

福建农林大学学报(自然科学版), 2018, 47 (05) :524-529

[2]

基于简化基因组测序开发垂穗披碱草(Elymus nutans)SSR标记 [J].

刘瑞娟 ;

路兴旺 ;

窦全文 .

分子植物育种, 2018, 16 (06) :1888-1894

[3]

转录组测序及其在药用植物上的应用 [J].

赵振宇 ;

王仕玉 ;

郭凤根 ;

尹冬梅 ;

朱旭海 ;

杜玉霞 .

基因组学与应用生物学, 2017, 36 (02) :820-825

[4]

基于高通量测序的出芽短梗霉转录组学研究[J] 马赛箭;安超;薛文娇;上官亦卿; 基因组学与应用生物学 2016, 04

[5]

基于PacBio平台的全长转录组测序 [J].

任毅鹏 ;

张佳庆 ;

孙瑜 ;

吴振峰 ;

阮吉寿 ;

贺秉军 ;

刘国卿 ;

高山 ;

卜文俊 .

科学通报, 2016, 61 (11) :1250-1254

[6]

Latitudinal patterns of leaf N; P stoichiometry and nutrient resorption of Metasequoia glyptostroboides along the eastern coastline of China[J] Hui Zhang;Weihong Guo;Mukui Yu;G. Geoff Wang;Tonggui Wu Science of the Total Environment 2018,

[7]

Anti-listerial synergism of leaf essential oil of Metasequoia glyptostroboides with nisin in whole; low and skim milks[J] Vivek K. Bajpai;Jung In Yoon;Monika Bhardwaj;Sun Chul Kang Asian Pacific Journal of Tropical Medicine 2014,

[8]

Full-length transcriptome sequences and the identification of putative genes for flavonoid biosynthesis in safflower Chen J;Tang X.H;Ren C.X;Wei B;Wu Y.Y;Wu Q.H;Pei J; BMC Genomics 2018,

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