[目的]建立一种较为简单有效的香蕉种属关系鉴定的手段和方法。[方法]根据不同香蕉品种线粒体基因内含子序列间的差异性,通过PCR扩增线粒体基因组中细胞色素氧化酶亚基Ⅱ基因中的1个内含子,并进行测序和聚类分析,对分属5个基因型(AAA、AA、AAB、ABB和BB)的16个香蕉品种进行了分类。[结果]16个香蕉品种可分为3大类:第1类包括1个品种,基因型为BB;第2类包括7个品种,基因型为ABB;第3类包括8个品种,基因型包括AA、AAA、AAB和BB。其中,抗病新株系逸仙1、2、3号与粉杂有最近的亲缘关系。[结论]该方法对香蕉品种的分类结果与基因型的组成类型基本一致,说明它在鉴定香蕉种属亲缘关系方面是可行的。