山东省HIV-1流行毒株的基因特征和系统树分析

从13名山东省HIV感染者的淋巴细胞(PBMC)中提取前病毒DNA,使用套式PCR方法扩增HIV-lenv基因的C2-V3区。经序列分析发现13份样品均为B′,亚型(泰国B亚型),其与国际参考序列Bcon、泰国代表株93th067A、中国云南省代表株RL42、云南省共享序列96Yn-Bcon的基因离散率分别为7.31％、5.72％、4.25％、3.76％,而远离其它亚型。由系统树可以更清楚看到13个毒株全部与93th067A、RL42等B,亚型流行株聚在一起。通过GCG软件包计算这些毒株彼此间的基因离散率的变异系数为2.71％。以上数据提示HIV-1在山东省的流行时间不长。且与云南省相同亚型的HIV-1毒株密切相关。