GPU加速的生物序列比对

被引：15

作者：

林江

唐敏

童若锋

机构：

[1] 浙江大学计算机科学与技术学院

来源：

计算机辅助设计与图形学学报 | 2010年 / 22卷 / 03期

关键词：

Smith-Waterman算法; 序列比对; CUDA;

D O I：

暂无

中图分类号：

Q78 [基因工程（遗传工程）];

学科分类号：

071007 ; 0836 ; 090102 ;

摘要：

为了精确高效地进行生物序列比对,提出一种GPU加速的Smith-Waterman算法.该算法使用菱形数据布局以更充分地利用GPU的并行处理能力;使用查询串分批处理技术来支持上百兆规模的序列比对;同时引入树形算法,以优化最大匹配值的计算.将该算法在一块NVIDIA GeForce GTX285显卡上实现,并使用多组不同规模的生物序列进行了比对实验.实验结果表明,与CPU上的串行算法相比,采用文中算法最高可获得120倍以上的性能提升.

引用

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