茶树EST资源中SSR的信息分析

被引：16

作者：

金基强 ^{[1
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李素芳 ^{[2
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龚晓春 ^{[1
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卢美贞 ^{[1
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姚艳玲 ^{[1
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忻雅 ^{[1
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崔海瑞 ^{[1
]}

机构：

[1] 浙江大学原子核农业科学研究所

[2] 中国计量学院生命科学学院

来源：

科技通报 | 2006年 / 04期

关键词：

茶树; EST-SSR; 频率; 特性;

D O I：

10.13774/j.cnki.kjtb.2006.04.009

中图分类号：

S571.1 [茶];

学科分类号：

0902 ; 090203 ;

摘要：

从NCBI公共数据库下载获得1989条茶树EST,去除其中的低质量的和冗余的序列,得到全长为734．54 kb的1589条无冗余EST。共在这些序列中发掘出了281个EST-SSR,分布于246条EST中,出现频率是17．68%。这些EST-SSR的平均长度为33．06 bp,平均分布频率是1/2．61 kb。茶树EST—SSR中,二核苷酸重复是主要的重复类型,出现最多的重复基元类型是AG/CT重复。本研究为茶树EST-SSR标记的建立和进一步应用奠定了基础。

引用

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页码：471 / 476

页数：6

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Jung S. ;

Abbott A. ;

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Main D. .

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Fraser, LG ;

Harvey, CF ;

Crowhurst, RN ;

De Silva, HN .

THEORETICAL AND APPLIED GENETICS, 2004, 108 (06) :1010-1016

[10] Transferable EST-SSR markers for the study of polymorphism and genetic diversity in bread wheat [J].

Gupta, PK ;

Rustgi, S ;

Sharma, S ;

Singh, R ;

Kumar, N ;

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MOLECULAR GENETICS AND GENOMICS, 2003, 270 (04) :315-323