GO功能类与基因差异表达的关联规则挖掘算法

被引：3

作者：

屠康

喻辉

郭政

李霞

机构：

[1] 哈尔滨医科大学生物信息系

[2] 哈尔滨医科大学生物信息系哈尔滨

[3] 哈尔滨

[4] 哈尔滨基太生物芯片开发有限责任公司

来源：

生物化学与生物物理进展 | 2004年 / 08期

关键词：

基因表达谱; 差异表达; 特征功能类; 关联规则; Gene Ontology;

D O I：

暂无

中图分类号：

Q785 [转化及克隆];

学科分类号：

071007 ; 0836 ; 090102 ;

摘要：

针对基因功能分类体系GeneOntology的层次结构特点 ,修改关联规则挖掘算法Apriori,开发“挖掘与基因差异表达关联的GO功能组合”软件 (RuleGO) .RuleGO以基因表达谱上的差异表达基因集合和不差异表达基因集合为输入 ,输出组合特征功能类与基因差异表达现象的关联规则 ,有助于解释基因差异表达现象的本质原因 ,如疾病发病机制、药物作用机理等 .将RuleGO和OntoExpress应用在结肠癌和腺癌表达谱数据集上 ,结果显示 ,RuleGO比OntoExpress能发现更多的与差异表达现象关联的特征功能类 ,更能看到在OntoExpress上不能发现的组合特征功能类 .另外 ,结果显示 ,将规则的置信度和支持度要求设置较高时 ,一般只有组合功能类才能满足要求 ,这提示在基因表达谱分析中不宜采用单个角度的单个功能分类单元 ,考虑功能分类单元的组合可能更有意义

引用

页码：705 / 711

页数：7