融合依存信息Attention机制的药物关系抽取研究

被引:1
作者
李丽双
钱爽
周安桥
刘阳
郭元凯
机构
[1] 大连理工大学计算机科学与技术学院
关键词
生物医学关系抽取; 药物关系抽取; 依存信息; Attention;
D O I
暂无
中图分类号
TP391.1 [文字信息处理]; R318 [生物医学工程];
学科分类号
0831 ;
摘要
药物关系(Drug-Drug Interaction,DDI)抽取是生物医学关系抽取领域的重要分支,现有方法主要强调实体、位置等信息对关系抽取的影响。相关研究表明,依存信息对于关系抽取具有重要作用,如何合理利用依存信息是关系抽取研究中需要解决的问题。该文提出一种融合依存信息Attention机制的药物关系抽取模型,衡量最短依存路径与句子的相关性,捕捉对实体间关系有用的信息。首先使用双向GRU(BiGRU)网络分别学习原句子和最短依存路径(Shortest Dependency Path,SDP)的语义信息和上下文信息,然后通过Attention机制将SDP信息与原句子信息融合,最后利用融合依存信息之后的句子表示进行分类预测。在DDIExtraction2013语料上进行了实验评估,模型F值为73.72%。
引用
收藏
页码:89 / 96
页数:8
相关论文
共 20 条
  • [11] Extracting Drug-Drug Interactions with Attention CNNs. Asada M,Miwa M,Sasaki Y. BioNLP . 2017
  • [12] Drug-Drug interaction extraction from biomedical text using long short term memory network. Sahu SK,Anand A. . 2017
  • [13] End-to-end relation extraction using lstms on sequences and tree structures. Miwa M,Bansal M. . 2016
  • [14] Neural machine translation by jointly learning to align and translate. Bahdanau D,Cho K,Bengio Y. . 2014
  • [15] Semeval-2013 task 9:Extraction of drug-drug interactions from biomedical texts (ddiextraction 2013). Segura Bedmar I,Martinez P,Herrero Zazo M. Proceedings of Semeval . 2013
  • [16] A graph kernel based on context vectors for extracting drug-drug interactions. ZHEN G W,LIN H,ZHAO Z,et al. Journal of Biomechanics . 2016
  • [17] Extracting Drug-Drug interactions from biomedical text using a feature-based kernel approach. Raihani A,Laachfoubi N. Journal of Theoretical and Applied Information Technology . 2016
  • [18] Drug drug interaction extraction from biomedical literature using syntax convolutional neural network. Zhao Z,et al. Bioinformatics . 2016
  • [19] Drug-Drug interaction extraction via recurrent neural network with multiple attention layers. Yi Z,et al. . 2017
  • [20] Drug-Drug interaction extraction via hierarchical RNNs on sequence and shortest dependency paths. Zhang Y,Zheng W,Lin H,et al. Bioinformatics . 2017