新医改背景下乡镇卫生院综合改革说明政府对基层卫生投入的长效和保障机制正逐步形成,研究提高财政投入绩效具有重要意义。卫生系统是复杂性系统,本研究运用卫生系统绩效框架和机构治理模式理论,结合对广东省15个县市的现场调研,对乡镇卫生院政府投入绩效可能存在的机构效率、县域三级卫生服务体系整体效率和政府卫生投入方式等问题和原因进行了剖析。最后提出系统性提升乡镇卫生院政府卫生投入绩效,应高度重视县域农村医疗卫生服务体系改革的顶层设计;政府各职能部门间的政策制定应相互契合良性互动;要建立基于县域医疗卫生均等化下的符合卫生规律的财政卫生转移支付模式。