目的对比分析实时荧光RT-PCR和普通RT-PCR方法在检测手足口病病原体的差别。方法选择临床诊断为手足口病患者粪便256份,提取RNA,用实时荧光RT-PCR和普通RT-PCR检测手足口病肠道病毒71型(EV71)、柯萨奇病毒A组16型(CoxA 16)和总肠道病毒(PE),对实验结果进行统计学分析。结果实时荧光RT-PCR和普通RT-PCR检测手足口病患者粪便标本,CoxA 16结果差异有统计学意义(P<0.01),CoxA 16阳性率分别为62.22%和16.67%;EV71、PE结果差异无统计学意义(P>0.05),实时荧光RT-PCR方法EV71和PE阳性率为42.22%和65.00%,普通RT-PCR方法为37.78%和55.00%。普通RT-PCR检测的36份EV71、CoxA 16和PE全阴性标本,荧光RT-PCR方法检出PE阳性9份、EV71阳性4份、CoxA 16阳性14份。结论实时荧光RT-PCR方法比普通RT-PCR方法更灵敏、快捷,适用于临床手足口病病原体的检测。