河南省2010年柯萨奇病毒A组16型VP1区基因特征分析

目的了解河南省2010年柯萨奇病毒A组16型（CA16）流行株VP1区基因特征。方法对河南省2010年手足口病（HFMD）粪便和咽拭子样品中分离到的10株CA16病毒,采用反转录-聚合酶链反应（RT-PCR）方法进行VP1编码区基因扩增,对扩增产物进行测序,利用生物信息学软件对序列分析,与已报道的CA16标准株序列构建基因亲缘关系树。结果 10株CA16毒株,其VP1区核苷酸和氨基酸同源性分别为90.9%100.0%,99.3%100.0%,与国际CA16标准株G10在VP1区核苷酸和氨基酸同源性分别为67.0%69.0%,72.0%74.0%。亲缘进化树显示全部CA16株可分为A和B两个基因型,B基因型又可分为B1和B2两个基因亚型。河南省分离的CA16毒株全部属于B1基因亚型,同时包含B1a和B1b两条进化分支在河南省共同流行。结论河南省手足口病感染CA16病毒的流行株属B1基因亚型,有B1a和B1b两个进化分支共同进化和循环。