目的了解深圳市龙岗区幼儿轮状病毒(Rotavirus,RV)腹泻发病情况及分子流行病学特征,为实施RV免疫规划提供依据。方法分析2009年深圳市龙岗区疫情监测系统中5岁以下婴幼儿感染性腹泻的发病情况,用酶联免疫吸附试验(ELISA)检测腹泻患儿粪便中RV,然后采用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)方法对提取的RV-RNA做基因分型。结果 2009年调查地区各级监测医院共报告5岁以下感染性腹泻儿童5893例,其中RV阳性2 303例,阳性率为39.1%。随着年龄增大,儿童RV阳性率逐渐减小,且差别有统计学意义(P<0.01)。1月41.8%和10月43.9%两个季节腹泻儿童RV阳性率高于4月30.8%和7月26.8%(P<0.01)。男性与女性患儿RV检出率高于女性患儿,差异有统计学意义(P<0.05)。在随机抽取100份经ELISA检测RV阳性的2303份标本中,RT-PCR法进行轮状病毒基因G、P分型,分型率为64.0%,其中P8G3为主要流行型,占所有分型的42.0%。结论 RV是深圳市婴幼儿秋冬季腹泻最主要的病原体,以G3型为主,可作为研究RV疫苗的主要血清型。