暗纹东方鲀线粒体细胞色素b及其侧翼tRNA基因的克隆与序列分析

以暗纹东方鲀(Takifugu fasciatus)肝脏的线粒体DNA为模板,按照红鳍东方豚(Takifugu rubripes)线粒体DNA序列设计合成特异引物进行PCR扩增,克隆并测定线粒体细胞色素b(Cyt b)及其侧翼tRNA基因的全序列,结果显示,克隆的暗纹东方Cyt b基因(1 137 bp)及其5′端上游的tRNAGlu基因和3′端下游的tRNAThr基因序列共1 327 bp。用DNA分析软件对暗纹东方与GenBank中10个目13种鱼类的Cyt b序列进行比较分析,显示暗纹东方与这些鱼类的Cyt b基因具有较高的同源性,与同属红鳍东方的同源性最高,为96.1%;与同目不同科的矛尾翻车(Masturus lanceolatus)和翻车(Mola mola)的同源性分别为74.1%和74.8%。tRNAGlu基因由69个碱基组成,tRNAThr基因由72个碱基组成,与红鳍东方相应tRNA的碱基组成完全相同。推定的这两种tRNA的二级结构都具有典型的三叶草型结构,各臂的碱基配对率高,稳定性好。根据暗纹东方与其他13种鱼的Cyt b基因序列同源性所建立的进化树比较,结果与传统的分类地位基本吻合。