适于变性梯度凝胶电泳(DGGE)分析的草莓根际土壤微生物的DNA模板制备

被引：8

作者：

李安英 ^{[1
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张潞生 ^{[1
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高微微 ^{[2
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王红清 ^{[1
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王程亮 ^{[1
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张云婷 ^{[1
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杨小柳 ^{[1
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机构：

[1] 中国农业大学农学与生物技术学院

[2] 中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所

来源：

农业生物技术学报 | 2009年 / 17卷 / 04期

关键词：

草莓根际土壤; 微生物DNA提取; PCR扩增; DGGE;

D O I：

暂无

中图分类号：

S668.4 [草莓];

学科分类号：

090201 ;

摘要：

根际土壤中微生物DNA的有效提取是土壤微生物变性梯度凝胶电泳(DGGE)分析的基础。研究对比了十二烷基硫酸钠(SDS)高盐抽提法、十六烷基三甲基溴化铵(CTAB)法和预洗处理的聚乙烯吡咯烷酮(PVP)法3种DNA提取方法对4个栽培地块草莓(Fragaria ananassa Duch.)根际土壤微生物总DNA提取的效果。结果表明,SDS高盐抽提法和预洗处理的PVP法从不同土样中提取的微生物总DNA片段长度大于23kb,DNA均量分别达到32.94和43.06μg/g;其中预洗处理的PVP法提取DNA的A260/A280和A260/A230比值平均为1.1623和0.8135,比SDS高盐抽提法(1.1238和0.5901)分别高出0.0385和0.2234,对土壤样品中蛋白质和腐植酸的去除效果较好;CTAB法提取的总DNA非常少。纯化后的DNA,分别采用细菌F341/R534和真菌FR1/FF390引物进行PCR扩增,成功获得细菌16S rDNAV3区和真菌18S rDNA目的片段,对其PCR扩增产物进行DGGE分析,4个土壤样品均得到清晰的DGGE图谱。草莓根际土壤微生物DGGE分析中DNA模板制备采用预洗处理的PVP法和SDS高盐抽提法均可成功获得,预洗处理的PVP法效果最好,而CTAB法制备效果较差。

引用

页码：701 / 706

页数：6

共 10 条

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