基于PC/Linux的核酸序列电子延伸系统的构建及其应用

被引：6

作者：

张成岗

孙焕东

欧阳曙光

吴松峰

贺福初

机构：

[1] 军事医学科学院放射医学研究所,军事医学科学院情报信息研究所,军事医学科学院放射医学研究所,军事医学科学院放射医学研究所,军事医学科学院放射医学研究所北京

来源：

遗传 | 2002年 / 01期

基金：

国家杰出青年科学基金; 国家自然科学基金重点项目;

关键词：

生物信息学; 表达序列标签; cDNA; 电子序列延伸; 微机; Linux操作系统;

D O I：

10.16288/j.yczz.2002.01.013

中图分类号：

Q52 [核酸];

学科分类号：

摘要：

新基因全长cDNA序列的获得常常是分子生物学工作者面临的难题。人类基因组计划及其相关计划的实施导致了大量表达序列标签 (EST)的产生。利用一定的生物信息学算法 ,这些EST序列往往可用来对新基因片段进行延伸。采用Linux操作系统 ,利用Blast软件和Phrap软件以及EST数据库在微机上构建了EST序列的电子延伸系统 ,并对来自于人胎肝的 11386条EST序列和 5 11条插入片段全长cDNA序列进行了电子延伸 ,结果显示8373条EST序列和 389条插入片段全长cDNA序列得到了程度不等的延伸 ,部分结果通过RACE实验得到证实。该套系统可高效地、规模化进行EST序列的延伸 ,可为通过实验获得新基因全长cDNA序列提供重要线索。

引用

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页数：5

共 5 条

[1] 基于PC/Linux的核酸序列分析系统的构建及其应用附视频 [J].