以日本沼虾肌肉组织为材料,提取其基因组DNA,研究了该虾16S rRNA基因片段扩增的PCR反应条件.经对扩增反应体系中各因子和扩增程序的梯度实验,确定优化反应条件为:在25μL反应体系中,10×Buffer 2.5μL,DNA模板200~300 ng,4×dNTP 0.2 mmol/L,Mg2+1.5 mmol/L,引物0.4μmol/L,Taq DNA聚合酶1 U,95℃预变性5 min;接着35个循环包括95℃变性1 min,56℃复性50 s,72℃延伸1 min;最后72℃延伸10 min.应用此优化体系扩增日本沼虾18S rRNA,细胞色素氧化酶亚基I(cytochrome oxidase subunit I,COI),NADH脱氢酶亚基V(NADH dehydrogenasesubunit 5,ND5)等基因片段均获得了稳定而理想的效果.研究结果为深入探讨日本沼虾种群的遗传和变异,以及开展其种质鉴定和分子标记等研究提供了参考.