在综合考虑决策单元同质性和随机因素等影响的基础上,运用Bootstrap修正的DEA模型,对2010年中国教育部直属高校的科研活动效率进行了较为全面的评价和分析。研究结果表明:(1)统计检验显示出Bootstrap-DEA模型更合理,更具有可靠性;(2)中国教育部直属高校科研活动效率不仅存在较大改进空间,而且存在显著的个体差异;(3)规模效率均值显著高于相应的技术效率和纯技术效率,表明其并不是高校科研活动效率偏低的主要因素;(4)不同类型的高校科研活动效率差异是比较大的;(5)从纯技术效率和规模效率的比较看,大部分高校表现为两效率的双重低下或一高一低;(6)高校科研活动的纯技术效率与规模效率之间存在一定程度的不协调性。