[目的]比较不同时期玉米须多糖含量的差异及蛋白质的纯化。[方法]采用热回流法提取多糖及木瓜蛋白酶除去蛋白质。通过单因素和正交试验找到木瓜蛋白酶的最优条件。[结果]吉林和松原乳熟期多糖含量为9.87%、10.15%,成熟期为4.85%、4.55%,乳熟期平均产率花柱为7.90%,柱头为12.58%,成熟期平均产率花柱为4.91%,柱头为3.51%。酶水解正交试验最优条件:酶底比1.00%,pH值5.5,体系在水浴中水解1.5h,温度为40℃。[结论]乳熟期多糖含量高于成熟期;乳熟期柱头含量最高,酶法可作为玉米须多糖的脱蛋白的工艺,除蛋白率60.31%,损失率为14.71%。