目的研究中国流行的轮状病毒(Rotavirus,RV)G9型毒株的分子流行病学特征。方法在中国9个地区收集5岁以下腹泻患儿粪便标本,应用酶联免疫吸附试验(ELISA)方法检测RV,对阳性标本用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)分型,选择G9型毒株进行VP7基因全长克隆测序和分子流行病学分析。结果1998~2004年共检测出RV1 268份,其中45份为G9型(3.5%),昆明最多(34/45),其次是兰州(8/45)、长春(2/45)、卢龙(1/45),北京、郑州、杭州、福州、广州未检测到G9型毒株。对35份G9型标本进行P分型鉴定:15份为P[8]型,12份为P[6]型,5份为P[4]型,1份为P[8+4]混合型,2份未能分型。中国1998~2000年以P[8]G9毒株流行为主,而2001年后以P[6]G9毒株为主。22株G9型病毒VP7基因序列比对结果表明,中国流行的G9型毒株彼此同源性高,同属G9第3亚型。结论中国流行的RV G9型株与世界各地的流行株同源性较高,国内传播范围扩大的趋势值得关注。