提取北方土壤真菌DNA的一种方法

由于土壤理化性质的复杂性和真菌细胞壁结构的特殊性,从土壤样品中提取真菌基因组DNA比较困难。中国北方土壤与其它地区土壤相比有其自身的特点,因此,有必要优化一种适合于北方土壤真菌DNA提取的方法。本实验向灭菌黑土中分别投加12种在系统分类上差别较大的真菌,以传统土壤总DNA提取方法及纯菌DNA提取方法为基础,分别与蜗牛酶,纤维素酶进行组合、优化,得到7种不同的土壤真菌基因组DNA提取方法。利用真菌28SrDNA通用引物U1/U2-GCPCR-DGGE分析方法分别考察了7种不同方法所提取土壤真菌基因组DNA的多样性和代表性。结果表明:1)液氮研磨,纤维素酶、蜗牛酶和溶菌酶(浓度分别为6、3和1mg.ml-1)37℃作用60min,2%SDS于65℃裂解30min;2)-65℃～65℃冻融3次,纤维素酶、蜗牛酶和溶菌酶(浓度分别为6、3和1mg.ml-1)37℃作用180min,2%SDS于65℃裂解30min的组合具有较好的提取效果。利用后一种方法分别对3种理化性质差异较大的中国北方自然土壤样品真菌DNA进行提取并分析,表明所提取土壤基因组DNA真菌特异性PCR-DGGE图谱条带丰富,该方法可用于多种北方土壤真菌多样性研究。