以培矮 64S和 5个恢复系等 6个两系杂交水稻亲本的DNA为模板 ,进行微卫星分子标记 (SSR)分析 ,结果表明 ,在 60对微卫星引物中有 47对在 6份材料中均有清晰带型扩增产物。以根井标准遗传距离D为亲本间多态率的指标分析 ,培矮 64S与 93 11之间的多态率最高 ,达到 2 6.9% ;其次是与E3 2之间的多态率 ,为 2 5 .9% ;而与特青的多态率最低 (17.0 % ) ,说明培矮 64S与 93 11之间亲缘关系最远 ,而与特青的亲缘关系最近。聚类结果显示 ,微卫星分子标记可将 6份亲本分为 3个大群。认为用SSR标记可以快速有效地鉴定亲本间的亲缘关系 ,从而预测杂种优势 ,为亲本选配提供参考。