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我国HIV-1主要流行株外膜蛋白(env)基因V3~V4区变异及其与生物学特性的关系
被引:25
作者:
邢辉
梁浩
洪坤学
魏民
赵全壁
冯毅
陈建平
全宇
滕涛
邵一鸣
机构:
[1] 中国疾病预防控制中心性病艾滋病预防控制中心
[2] 广西医科大学公共卫生学院
[3] 中国疾病预防控制中心性病艾滋病预防控制中心 北京
[4] 北京
来源:
关键词:
人类免疫缺陷病毒1型;
亚型;
生物表型;
基因变异;
D O I:
暂无
中图分类号:
R346 [];
学科分类号:
1001 ;
摘要:
目的 研究我国HIV 1主要流行毒株亚型的envV3~V4区变异与生物学特性的关系。方法 应用nested PCR对 1 57份获自我国 1 2个省份的HIV 1毒株env区序列进行扩增 ,并使用ABI 377型测序仪测序 ,然后应用BLAST、GCG和MEGA等生物学软件或程序对env基因V3~V4区序列进行分析。结果 B′亚型毒株V3顶端四肽存在着 4种类型 :GPGR ( 54% )、GPGQ ( 2 8% )、GPGK( 1 6 % )和GPGA( 2 % ) ,B′/C重组毒株全部为GPGQ( 1 0 0 % ) ,CRF0 1 AE重组毒株呈现GPGQ( 95% )和GPGR( 5% )两种类型 ;B′/C和CRF0 1 AE重组毒株V3~V4区及其临近区域N 糖基化位点比B′亚型毒株N 糖基化位点保守。而B′亚型毒株V3环的净电荷分别显著高于B′/C和CRF0 1 AE毒株 (P <0 .0 1 ) ;根据V3环关键氨基酸推测辅助受体使用情况的结果显示 :B′亚型毒株有 9.2 6 %可能使用CCR5,7.4 1 %可能使用CXCR4 ,其余 83.33%不能对辅助受体的使用作出预测。所有B′/C重组毒株被预测可能使用CCR5。CRF0 1 AE重组毒株有 90 .4 8%被预测可能使用CCR5,没有被预测为使用CXCR4的序列 ,9.52 %不能作出预测。结论 B′亚型毒株大部分可能为NSI型 ,少部分可能为SI型 ,而B′/C和CRF0 1 AE重组毒株绝大部分为NSI型。我国主要流行株的V3~V4区尤其是V3环的氨基酸
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