CAFA and the Open World of protein function predictions

被引：34

作者：

Dessimoz, Christophe ^{[1
,2
,3
]}

Skunca, Nives ^{[3
,4
]}

Thomas, Paul D. ^{[5
]}

机构：

[1] UCL, London WC1E 6BT, England

[2] European Bioinformat Inst, European Mol Biol Lab, Hinxton CB10 1SD, England

[3] Swiss Inst Bioinformat, CH-8092 Zurich, Switzerland

[4] ETH, CH-8092 Zurich, Switzerland

[5] Univ So Calif, Keck Sch Med, Los Angeles, CA 90089 USA

来源：

TRENDS IN GENETICS | 2013年 / 29卷 / 11期

关键词：

gene ontology; protein function prediction; protein databases; community assessment; Open World assumption; computational methods;

D O I：

10.1016/j.tig.2013.09.005

中图分类号：

Q3 [遗传学];

学科分类号：

071007 ; 090102 ;

摘要：

引用

页码：609 / 610

页数：2

共 9 条

[1] Reorganizing the protein space at the Universal Protein Resource (UniProt) [J].

Apweiler, Rolf ;

Martin, Maria Jesus ;

O'Donovan, Claire ;

Magrane, Michele ;

Alam-Faruque, Yasmin ;

Antunes, Ricardo ;

Casanova, Elisabet Barrera ;

Bely, Benoit ;

Bingley, Mark ;

Bower, Lawrence ;

Bursteinas, Borisas ;

Chan, Wei Mun ;

Chavali, Gayatri ;

Da Silva, Alan ;

Dimmer, Emily ;

Eberhardt, Ruth ;

Fazzini, Francesco ;

Fedotov, Alexander ;

Garavelli, John ;

Castro, Leyla Garcia ;

Gardner, Michael ;

Hieta, Reija ;

Huntley, Rachael ;

Jacobsen, Julius ;

Legge, Duncan ;

Liu, Wudong ;

Luo, Jie ;

Orchard, Sandra ;

Patient, Samuel ;

Pichler, Klemens ;

Poggioli, Diego ;

Pontikos, Nikolas ;

Pundir, Sangya ;

Rosanoff, Steven ;

Sawford, Tony ;

Sehra, Harminder ;

Turner, Edward ;

Wardell, Tony ;

Watkins, Xavier ;

Corbett, Matt ;

Donnelly, Mike ;

van Rensburg, Pieter ;

Goujon, Mickael ;

McWilliam, Hamish ;

Lopez, Rodrigo ;

Xenarios, Ioannis ;

Bougueleret, Lydie ;

Bridge, Alan ;

Poux, Sylvain ;

Redaschi, Nicole .

NUCLEIC ACIDS RESEARCH, 2012, 40 (D1) :D71-D75

[2] The Gene Ontology in 2010: extensions and refinements The Gene Ontology Consortium [J].

Berardini, Tanya Z. ;

Li, Donghui ;

Huala, Eva ;

Bridges, Susan ;

Burgess, Shane ;

McCarthy, Fiona ;

Carbon, Seth ;

Lewis, Suzanna E. ;

Mungall, Christopher J. ;

Abdulla, Amina ;

Wood, Valerie ;

Feltrin, Erika ;

Valle, Giorgio ;

Chisholm, Rex L. ;

Fey, Petra ;

Gaudet, Pascale ;

Kibbe, Warren ;

Basu, Siddhartha ;

Bushmanova, Yulia ;

Eilbeck, Karen ;

Siegele, Deborah A. ;

McIntosh, Brenley ;

Renfro, Daniel ;

Zweifel, Adrienne ;

Hu, James C. ;

Ashburner, Michael ;

Tweedie, Susan ;

Alam-Faruque, Yasmin ;

Apweiler, Rolf ;

Auchinchloss, Andrea ;

Bairoch, Amos ;

Barrell, Daniel ;

Binns, David ;

Blatter, Marie-Claude ;

Bougueleret, Lydie ;

Boutet, Emmanuel ;

Breuza, Lionel ;

Bridge, Alan ;

Browne, Paul ;

Chan, Wei Mun ;

Coudert, Elizabeth ;

Daugherty, Louise ;

Dimmer, Emily ;

Eberhardt, Ruth ;

Estreicher, Anne ;

Famiglietti, Livia ;

Ferro-Rojas, Serenella ;

Feuermann, Marc ;

Foulger, Rebecca ;

Gruaz-Gumowski, Nadine .

NUCLEIC ACIDS RESEARCH, 2010, 38 :D331-D335

[3] The UniProt-GO Annotation database in 2011 [J].

Dimmer, Emily C. ;

Huntley, Rachael P. ;

Alam-Faruque, Yasmin ;

Sawford, Tony ;

O'Donovan, Claire ;

Martin, Maria J. ;

Bely, Benoit ;

Browne, Paul ;

Chan, Wei Mun ;

Eberhardt, Ruth ;

Gardner, Michael ;

Laiho, Kati ;

Legge, Duncan ;

Magrane, Michele ;

Pichler, Klemens ;

Poggioli, Diego ;

Sehra, Harminder ;

Auchincloss, Andrea ;

Axelsen, Kristian ;

Blatter, Marie-Claude ;

Boutet, Emmanuel ;

Braconi-Quintaje, Silvia ;

Breuza, Lionel ;

Bridge, Alan ;

Coudert, Elizabeth ;

Estreicher, Anne ;

Famiglietti, Livia ;

Ferro-Rojas, Serenella ;

Feuermann, Marc ;

Gos, Arnaud ;

Gruaz-Gumowski, Nadine ;

Hinz, Ursula ;

Hulo, Chantal ;

James, Janet ;

Jimenez, Silvia ;

Jungo, Florence ;

Keller, Guillaume ;

Lemercier, Phillippe ;

Lieberherr, Damien ;

Masson, Patrick ;

Moinat, Madelaine ;

Pedruzzi, Ivo ;

Poux, Sylvain ;

Rivoire, Catherine ;

Roechert, Bernd ;

Schneider, Michael ;

Stutz, Andre ;

Sundaram, Shyamala ;

Tognolli, Michael ;

Bougueleret, Lydie .

NUCLEIC ACIDS RESEARCH, 2012, 40 (D1) :D565-D570

[4] InterPro in 2011: new developments in the family and domain prediction database [J].

Hunter, Sarah ;

Jones, Philip ;

Mitchell, Alex ;

Apweiler, Rolf ;

Attwood, Teresa K. ;

Bateman, Alex ;

Bernard, Thomas ;

Binns, David ;

Bork, Peer ;

Burge, Sarah ;

de Castro, Edouard ;

Coggill, Penny ;

Corbett, Matthew ;

Das, Ujjwal ;

Daugherty, Louise ;

Duquenne, Lauranne ;

Finn, Robert D. ;

Fraser, Matthew ;

Gough, Julian ;

Haft, Daniel ;

Hulo, Nicolas ;

Kahn, Daniel ;

Kelly, Elizabeth ;

Letunic, Ivica ;

Lonsdale, David ;

Lopez, Rodrigo ;

Madera, Martin ;

Maslen, John ;

McAnulla, Craig ;

McDowall, Jennifer ;

McMenamin, Conor ;

Mi, Huaiyu ;

Mutowo-Muellenet, Prudence ;

Mulder, Nicola ;

Natale, Darren ;

Orengo, Christine ;

Pesseat, Sebastien ;

Punta, Marco ;

Quinn, Antony F. ;

Rivoire, Catherine ;

Sangrador-Vegas, Amaia ;

Selengut, Jeremy D. ;

Sigrist, Christian J. A. ;

Scheremetjew, Maxim ;

Tate, John ;

Thimmajanarthanan, Manjulapramila ;

Thomas, Paul D. ;

Wu, Cathy H. ;

Yeats, Corin ;

Yong, Siew-Yit .

NUCLEIC ACIDS RESEARCH, 2012, 40 (D1) :D306-D312

[5] The impact of incomplete knowledge on evaluation: an experimental benchmark for protein function prediction [J].

Huttenhower, Curtis ;

Hibbs, Matthew A. ;

Myers, Chad L. ;

Caudy, Amy A. ;

Hess, David C. ;

Troyanskaya, Olga G. .

BIOINFORMATICS, 2009, 25 (18) :2404-2410

[6]

Radivojac P, 2013, NAT METHODS, V10, P221, DOI [10.1038/NMETH.2340, 10.1038/nmeth.2340]

[7] Quality of Computationally Inferred Gene Ontology Annotations [J].

Skunca, Nives ;

Altenhoff, Adrian ;

Dessimoz, Christophe .

PLOS COMPUTATIONAL BIOLOGY, 2012, 8 (05)

[8] On the Use of Gene Ontology Annotations to Assess Functional Similarity among Orthologs and Paralogs: A Short Report [J].

Thomas, Paul D. ;

Wood, Valerie ;

Mungall, Christopher J. ;

Lewis, Suzanna E. ;

Blake, Judith A. .

PLOS COMPUTATIONAL BIOLOGY, 2012, 8 (02)

[9] C-type lectin Mincle is an activating receptor for pathogenic fungus, Malassezia [J].

Yamasaki, Sho ;

Matsumoto, Makoto ;

Takeuchi, Osamu ;

Matsuzawa, Tetsuhiro ;

Ishikawa, Eri ;

Sakuma, Machie ;

Tateno, Hiroaki ;

Uno, Jun ;

Hirabayashi, Jun ;

Mikami, Yuzuru ;

Takeda, Kiyoshi ;

Akira, Shizuo ;

Saito, Takashi .

PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, 2009, 106 (06) :1897-1902

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