Gene insulation. Part II: natural strategies in vertebrates

Les moyens d'isoler un gene de son environnement genomique chez les vertebres ne sont pas fondamentalement differents de ceux observes chez la drosophile et la levure (article precedent). Si la formation d'un domaine circonscrit par une boucle de chromatine, genere ou non par l'attachement a la matrice nucleaire, apparait comme le mode le plus usite pour confiner un activateur transcriptionnel a un domaine genomique donne et pour coordonner l'expression de plusieurs genes, simultanement ou sequentiellement, au sein d'un programme donne, son role a ete elargi a de nouveaux reseaux de genes ou d'elements regulateurs au sein d'un meme gene. Les bases des boucles de chromatine (structures nucleaires non-chromosomales ou elements d'interaction genomiques) sont egalement definies de maniere plus large. Mais alors que la protection d'un gene chez la drosophile est due a nombre de proteines, chez les vertebres, celles-ci se reduisent encore en pratique a la proteine CTCF qui apparait dans tous les cas comme le pivot d'une architecture structurant l'assemblage d'interactions ADN-proteines destinees a la regulation des genes. Comme pour la levure et la drosophile, l'economie de moyens est la regle et le meme detournement de composants habituellement impliques dans les machineries transcriptionnelles (RNA polymerases actives ou en pause, facteur TFIIIC hors tRNA, remplacement permanent d'histones) est observe, avec des variantes propres a CTCF. Ainsi, non seulement CTCF participe a la structuration de boucles de chromatine, mais est egalement une barriere a la methylation du genome ou interfere avec toutes sortes de processus de transcription, tel celui generateur d'heterochromatine.