Integrative genomics viewer

被引:9838
作者
Robinson, James T. [1 ]
Thorvaldsdottir, Helga [1 ]
Winckler, Wendy [1 ]
Guttman, Mitchell [1 ,2 ]
Lander, Eric S. [1 ,2 ,3 ]
Getz, Gad [1 ]
Mesirov, Jill P. [1 ]
机构
[1] Massachusetts Inst Technol & Harvard, Broad Inst, Cambridge, MA USA
[2] MIT, Dept Biol, Cambridge, MA USA
[3] Harvard Univ, Sch Med, Dept Syst Biol, Boston, MA USA
关键词
VISUALIZATION; BROWSER;
D O I
10.1038/nbt.1754
中图分类号
Q81 [生物工程学(生物技术)]; Q93 [微生物学];
学科分类号
071005 ; 0836 ; 090102 ; 100705 ;
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[1]   A map of human genome variation from population-scale sequencing [J].
Altshuler, David ;
Durbin, Richard M. ;
Abecasis, Goncalo R. ;
Bentley, David R. ;
Chakravarti, Aravinda ;
Clark, Andrew G. ;
Collins, Francis S. ;
De la Vega, Francisco M. ;
Donnelly, Peter ;
Egholm, Michael ;
Flicek, Paul ;
Gabriel, Stacey B. ;
Gibbs, Richard A. ;
Knoppers, Bartha M. ;
Lander, Eric S. ;
Lehrach, Hans ;
Mardis, Elaine R. ;
McVean, Gil A. ;
Nickerson, DebbieA. ;
Peltonen, Leena ;
Schafer, Alan J. ;
Sherry, Stephen T. ;
Wang, Jun ;
Wilson, Richard K. ;
Gibbs, Richard A. ;
Deiros, David ;
Metzker, Mike ;
Muzny, Donna ;
Reid, Jeff ;
Wheeler, David ;
Wang, Jun ;
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Zheng, Huisong ;
Lander, Eric S. ;
Altshuler, David L. ;
Ambrogio, Lauren ;
Bloom, Toby ;
Cibulskis, Kristian ;
Fennell, Tim J. ;
Gabriel, Stacey B. .
NATURE, 2010, 467 (7319) :1061-1073
[2]  
[Anonymous], 2002, GENOME BIOL
[3]   MapView: visualization of short reads alignment on a desktop computer [J].
Bao, Hua ;
Guo, Hui ;
Wang, Jinwei ;
Zhou, Renchao ;
Lu, Xuemei ;
Shi, Suhua .
BIOINFORMATICS, 2009, 25 (12) :1554-1555
[4]   Integrative analysis of the melanoma transcriptome [J].
Berger, Michael F. ;
Levin, Joshua Z. ;
Vijayendran, Krishna ;
Sivachenko, Andrey ;
Adiconis, Xian ;
Maguire, Jared ;
Johnson, Laura A. ;
Robinson, James ;
Verhaak, Roel G. ;
Sougnez, Carrie ;
Onofrio, Robert C. ;
Ziaugra, Liuda ;
Cibulskis, Kristian ;
Laine, Elisabeth ;
Barretina, Jordi ;
Winckler, Wendy ;
Fisher, David E. ;
Getz, Gad ;
Meyerson, Matthew ;
Jaffe, David B. ;
Gabriel, Stacey B. ;
Lander, Eric S. ;
Dummer, Reinhard ;
Gnirke, Andreas ;
Nusbaum, Chad ;
Garraway, Levi A. .
GENOME RESEARCH, 2010, 20 (04) :413-427
[5]   Comprehensive genomic characterization defines human glioblastoma genes and core pathways [J].
Chin, L. ;
Meyerson, M. ;
Aldape, K. ;
Bigner, D. ;
Mikkelsen, T. ;
VandenBerg, S. ;
Kahn, A. ;
Penny, R. ;
Ferguson, M. L. ;
Gerhard, D. S. ;
Getz, G. ;
Brennan, C. ;
Taylor, B. S. ;
Winckler, W. ;
Park, P. ;
Ladanyi, M. ;
Hoadley, K. A. ;
Verhaak, R. G. W. ;
Hayes, D. N. ;
Spellman, Paul T. ;
Absher, D. ;
Weir, B. A. ;
Ding, L. ;
Wheeler, D. ;
Lawrence, M. S. ;
Cibulskis, K. ;
Mardis, E. ;
Zhang, Jinghui ;
Wilson, R. K. ;
Donehower, L. ;
Wheeler, D. A. ;
Purdom, E. ;
Wallis, J. ;
Laird, P. W. ;
Herman, J. G. ;
Schuebel, K. E. ;
Weisenberger, D. J. ;
Baylin, S. B. ;
Schultz, N. ;
Yao, Jun ;
Wiedemeyer, R. ;
Weinstein, J. ;
Sander, C. ;
Gibbs, R. A. ;
Gray, J. ;
Kucherlapati, R. ;
Lander, E. S. ;
Myers, R. M. ;
Perou, C. M. ;
McLendon, Roger .
NATURE, 2008, 455 (7216) :1061-1068
[6]   The ENCODE (ENCyclopedia of DNA elements) Project [J].
Feingold, EA ;
Good, PJ ;
Guyer, MS ;
Kamholz, S ;
Liefer, L ;
Wetterstrand, K ;
Collins, FS ;
Gingeras, TR ;
Kampa, D ;
Sekinger, EA ;
Cheng, J ;
Hirsch, H ;
Ghosh, S ;
Zhu, Z ;
Pate, S ;
Piccolboni, A ;
Yang, A ;
Tammana, H ;
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Harrison, R ;
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Barrera, LO ;
Qu, C ;
Van Calcar, S ;
Luna, R ;
Glass, CK ;
Rosenfeld, MG ;
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Antonarakis, SE ;
Birney, E ;
Brent, M ;
Pachter, L ;
Reymond, A ;
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Dewey, C ;
Keefe, D ;
Denoeud, F ;
Lagarde, J ;
Ashurst, J ;
Hubbard, T ;
Wesselink, JJ ;
Castelo, R ;
Eyras, E ;
Myers, RM ;
Sidow, A ;
Batzoglou, S .
SCIENCE, 2004, 306 (5696) :636-640
[7]   Savant: genome browser for high-throughput sequencing data [J].
Fiume, Marc ;
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Brook, Andrew ;
Brudno, Michael .
BIOINFORMATICS, 2010, 26 (16) :1938-1944
[8]   Chromatin signature reveals over a thousand highly conserved large non-coding RNAs in mammals [J].
Guttman, Mitchell ;
Amit, Ido ;
Garber, Manuel ;
French, Courtney ;
Lin, Michael F. ;
Feldser, David ;
Huarte, Maite ;
Zuk, Or ;
Carey, Bryce W. ;
Cassady, John P. ;
Cabili, Moran N. ;
Jaenisch, Rudolf ;
Mikkelsen, Tarjei S. ;
Jacks, Tyler ;
Hacohen, Nir ;
Bernstein, Bradley E. ;
Kellis, Manolis ;
Regev, Aviv ;
Rinn, John L. ;
Lander, Eric S. .
NATURE, 2009, 458 (7235) :223-227
[9]   EagleView: A genome assembly viewer for next-generation sequencing technologies [J].
Huang, Weichun ;
Marth, Gabor .
GENOME RESEARCH, 2008, 18 (09) :1538-1543
[10]   Tablet-next generation sequence assembly visualization [J].
Milne, Iain ;
Bayer, Micha ;
Cardle, Linda ;
Shaw, Paul ;
Stephen, Gordon ;
Wright, Frank ;
Marshall, David .
BIOINFORMATICS, 2010, 26 (03) :401-402