Comparative sequencing of plant genomes: Choices to make

被引：29

作者：

Jackson, S ^{[1
]}

Rounsley, S

Purugganan, M

机构：

[1] Purdue Univ, Dept Agron, W Lafayette, IN 47907 USA

[2] Broad Inst, Cambridge, MA 02141 USA

[3] MIT, Cambridge, MA 02141 USA

[4] Harvard Univ, Cambridge, MA 02141 USA

[5] N Carolina State Univ, Dept Genet, Raleigh, NC 27695 USA

来源：

PLANT CELL | 2006年 / 18卷 / 05期

关键词：

D O I：

10.1105/tpc.106.042192

中图分类号：

Q5 [生物化学]; Q7 [分子生物学];

学科分类号：

071010 ; 081704 ;

摘要：

引用

页码：1100 / 1104

页数：5

共 16 条

[1] A haplotype map of the human genome [J].

Altshuler, D ;

Brooks, LD ;

Chakravarti, A ;

Collins, FS ;

Daly, MJ ;

Donnelly, P ;

Gibbs, RA ;

Belmont, JW ;

Boudreau, A ;

Leal, SM ;

Hardenbol, P ;

Pasternak, S ;

Wheeler, DA ;

Willis, TD ;

Yu, FL ;

Yang, HM ;

Zeng, CQ ;

Gao, Y ;

Hu, HR ;

Hu, WT ;

Li, CH ;

Lin, W ;

Liu, SQ ;

Pan, H ;

Tang, XL ;

Wang, J ;

Wang, W ;

Yu, J ;

Zhang, B ;

Zhang, QR ;

Zhao, HB ;

Zhao, H ;

Zhou, J ;

Gabriel, SB ;

Barry, R ;

Blumenstiel, B ;

Camargo, A ;

Defelice, M ;

Faggart, M ;

Goyette, M ;

Gupta, S ;

Moore, J ;

Nguyen, H ;

Onofrio, RC ;

Parkin, M ;

Roy, J ;

Stahl, E ;

Winchester, E ;

Ziaugra, L ;

Shen, Y .

NATURE, 2005, 437 (7063) :1299-1320

[2] The Oryza bacterial artificial chromosome library resource:: Construction and analysis of 12 deep-coverage large-insert BAC libraries that represent the 10 genome types of the genus Oryza [J].

Ammiraju, JSS ;

Luo, MZ ;

Goicoechea, JL ;

Wang, WM ;

Kudrna, D ;

Mueller, C ;

Talag, J ;

Kim, H ;

Sisneros, NB ;

Blackmon, B ;

Fang, E ;

Tomkins, JB ;

Brar, D ;

MacKill, D ;

McCouch, S ;

Kurata, N ;

Lambert, G ;

Galbraith, DW ;

Arumuganathan, K ;

Rao, KR ;

Walling, JG ;

Gill, N ;

Yu, Y ;

SanMiguel, P ;

Soderlund, C ;

Jackson, S ;

Wing, RA .

GENOME RESEARCH, 2006, 16 (01) :140-147

[3] Toward the $1000 human genome [J].

Bennett, ST ;

Barnes, C ;

Cox, A ;

Davies, L ;

Brown, C .

PHARMACOGENOMICS, 2005, 6 (04) :373-382

[4] Monocot relationships: An overview [J].

Chase, MW .

AMERICAN JOURNAL OF BOTANY, 2004, 91 (10) :1645-1655

[5] High-diversity genes in the Arabidopsis genome [J].

Cork, JM ;

Purugganan, MD .

GENETICS, 2005, 170 (04) :1897-1911

[6] Darwin's abominable mystery: Insights from a supertree of the angiosperms [J].

Davies, TJ ;

Barraclough, TG ;

Chase, MW ;

Soltis, PS ;

Soltis, DE ;

Savolainen, V .

PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, 2004, 101 (07) :1904-1909

[7] A draft sequence of the rice genome (Oryza sativa L. ssp japonica) [J].

Goff, SA ;

Ricke, D ;

Lan, TH ;

Presting, G ;

Wang, RL ;

Dunn, M ;

Glazebrook, J ;

Sessions, A ;

Oeller, P ;

Varma, H ;

Hadley, D ;

Hutchinson, D ;

Martin, C ;

Katagiri, F ;

Lange, BM ;

Moughamer, T ;

Xia, Y ;

Budworth, P ;

Zhong, JP ;

Miguel, T ;

Paszkowski, U ;

Zhang, SP ;

Colbert, M ;

Sun, WL ;

Chen, LL ;

Cooper, B ;

Park, S ;

Wood, TC ;

Mao, L ;

Quail, P ;

Wing, R ;

Dean, R ;

Yu, YS ;

Zharkikh, A ;

Shen, R ;

Sahasrabudhe, S ;

Thomas, A ;

Cannings, R ;

Gutin, A ;

Pruss, D ;

Reid, J ;

Tavtigian, S ;

Mitchell, J ;

Eldredge, G ;

Scholl, T ;

Miller, RM ;

Bhatnagar, S ;

Adey, N ;

Rubano, T ;

Tusneem, N .

SCIENCE, 2002, 296 (5565) :92-100

[8] Analysis of the genome sequence of the flowering plant Arabidopsis thaliana [J].

Kaul, S ;

Koo, HL ;

Jenkins, J ;

Rizzo, M ;

Rooney, T ;

Tallon, LJ ;

Feldblyum, T ;

Nierman, W ;

Benito, MI ;

Lin, XY ;

Town, CD ;

Venter, JC ;

Fraser, CM ;

Tabata, S ;

Nakamura, Y ;

Kaneko, T ;

Sato, S ;

Asamizu, E ;

Kato, T ;

Kotani, H ;

Sasamoto, S ;

Ecker, JR ;

Theologis, A ;

Federspiel, NA ;

Palm, CJ ;

Osborne, BI ;

Shinn, P ;

Conway, AB ;

Vysotskaia, VS ;

Dewar, K ;

Conn, L ;

Lenz, CA ;

Kim, CJ ;

Hansen, NF ;

Liu, SX ;

Buehler, E ;

Altafi, H ;

Sakano, H ;

Dunn, P ;

Lam, B ;

Pham, PK ;

Chao, Q ;

Nguyen, M ;

Yu, GX ;

Chen, HM ;

Southwick, A ;

Lee, JM ;

Miranda, M ;

Toriumi, MJ ;

Davis, RW .

NATURE, 2000, 408 (6814) :796-815

[9] Genome sequencing in microfabricated high-density picolitre reactors [J].

Margulies, M ;

Egholm, M ;

Altman, WE ;

Attiya, S ;

Bader, JS ;

Bemben, LA ;

Berka, J ;

Braverman, MS ;

Chen, YJ ;

Chen, ZT ;

Dewell, SB ;

Du, L ;

Fierro, JM ;

Gomes, XV ;

Godwin, BC ;

He, W ;

Helgesen, S ;

Ho, CH ;

Irzyk, GP ;

Jando, SC ;

Alenquer, MLI ;

Jarvie, TP ;

Jirage, KB ;

Kim, JB ;

Knight, JR ;

Lanza, JR ;

Leamon, JH ;

Lefkowitz, SM ;

Lei, M ;

Li, J ;

Lohman, KL ;

Lu, H ;

Makhijani, VB ;

McDade, KE ;

McKenna, MP ;

Myers, EW ;

Nickerson, E ;

Nobile, JR ;

Plant, R ;

Puc, BP ;

Ronan, MT ;

Roth, GT ;

Sarkis, GJ ;

Simons, JF ;

Simpson, JW ;

Srinivasan, M ;

Tartaro, KR ;

Tomasz, A ;

Vogt, KA ;

Volkmer, GA .

NATURE, 2005, 437 (7057) :376-380

[10] The map-based sequence of the rice genome [J].

Matsumoto, T ;

Wu, JZ ;

Kanamori, H ;

Katayose, Y ;

Fujisawa, M ;

Namiki, N ;

Mizuno, H ;

Yamamoto, K ;

Antonio, BA ;

Baba, T ;

Sakata, K ;

Nagamura, Y ;

Aoki, H ;

Arikawa, K ;

Arita, K ;

Bito, T ;

Chiden, Y ;

Fujitsuka, N ;

Fukunaka, R ;

Hamada, M ;

Harada, C ;

Hayashi, A ;

Hijishita, S ;

Honda, M ;

Hosokawa, S ;

Ichikawa, Y ;

Idonuma, A ;

Iijima, M ;

Ikeda, M ;

Ikeno, M ;

Ito, K ;

Ito, S ;

Ito, T ;

Ito, Y ;

Iwabuchi, A ;

Kamiya, K ;

Karasawa, W ;

Kurita, K ;

Katagiri, S ;

Kikuta, A ;

Kobayashi, H ;

Kobayashi, N ;

Machita, K ;

Maehara, T ;

Masukawa, M ;

Mizubayashi, T ;

Mukai, Y ;

Nagasaki, H ;

Nagata, Y .

NATURE, 2005, 436 (7052) :793-800

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