类风湿关节炎患者HLA-Ⅱ类基因SNP的初步研究

背景:单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)指存在于某一(些)群体、正常个体的基因组DNA中单碱基的序列差异,是生物体基因组中存在的最简单也是最广泛的多态形式,是人类遗传基因的多态性在遗传信息上的本质表现,90%以上的遗传信息是由SNP所引起的。具有分布广、数目多,相对稳定的存在于染色体上等特点。SNP的产生可能会引起蛋白质表型的改变,所以SNP也是影响人类体质的关键,使人可能特别易于或特别不易患上某些疾病,或对于治疗药物的反应性有所差异。当前人们正致力于疾病基因背景的探索,SNP由于其在基因遗传研究方面所具备的优势,成为人类基因组计划完成之后又一研究新热点。 类风湿关节炎(rheumatoid arthritis,RA)是最常见的自身免疫性疾病之一,患病率高。疾病发展至晚期可导致不可逆的关节损伤,严重损害患者生活质量,每年给社会造成巨大的人力财力损失。研究类风湿关节炎的基因背景,能够更深入的了解该疾病的发病机制,对疾病诊断及治疗都具有积极的意义。 人类白细胞抗原(human leucocyte antigen,HLA)基因系统是人类主要组织相容性复合体(major histocompatibility complex,MHC),是人类基因组中与免疫功能相关最密切的一个区域,由于该基因和免疫机制联系密切且具有丰富的多态性,决定了其成为探索免疫性疾病基因遗传背景的一个重点研究靶位。目前,已有研究表明HLA-Ⅱ类基因中多态性最丰富的HLA-DRB1和DQB1的等位基因与类风湿关节炎的发生相关,但这两个基因的SNP位点如何与RA相关联并不清楚。 目的:本研究通过检测HLA-DRB1基因和DQB区域的SNP位点,分析基因和基因型频率,初步探讨HLA-Ⅱ类基因SNP位点与RA的相关性,预期发现与RA发病相关的SNP位点。 方法:应用生物信息学的方法对HLA-DRB1基因编码区SNP位点进行初步分析,同时参考国外的研究报道,选择11个SNP位点做为候选位点,进行实验验证。按类风湿关节炎的诊断标准筛选病例,以30例苏皖地区类风湿关节炎患者为研究对象,30例健康人为对照组。采集静脉血,用酚-氯仿法提取全血DNA。用序列特异性引物聚合酶链反应(PCR-SSP)技术检测11个位点的基因和基因型频率。 结果:HLA-DRB1基因的编码区非同义SNP位点经生物信息学对比得出3个可能产生有害突变的SNP(rs1059576、rs1059582、rs1059586)经实验验证表明,这3个SNP位点与RA并无相关性。随机选择的经生物信息学比对未产生有害突变的4个SNP位点在RA组和健康人对照组之间无统计学意义。DQB区域的NOTCH4基因2个SNP位点(rs2071282、rs2071283)与RA有明显相关性,DQB2基因的rs1049110与RA不相关。 结论:所研究的HLA-DRB1基因的7个SNP位点未发现与RA相关,提示该基因在RA的发病中起作用的SNP有待于进一步深入研究。DQB基因的2个SNP位点与RA的发病相关联。