PCR-DGGE技术在微生物物种多样性研究中的局限性及其解决措施

被引:30
作者
马俊孝
季明杰
孔健
机构
[1] 山东大学微生物技术国家重点实验室
关键词
变性梯度凝胶电泳; 微生物多样性; 微生物生态学; PCR; 局限性;
D O I
暂无
中图分类号
Q93 [微生物学];
学科分类号
071005 ; 100705 ;
摘要
变性梯度凝胶电泳(denaturing gradientg elelectrophoresis,DGGE)技术目前已经成为研究微生物物种多样性和动态变化的分子检测工具之一。该技术不依赖于微生物的分离培养,便能快速、准确地获取复杂样品中微生物的菌群组成及其遗传信息,因此被广泛应用于微生物生态学、食品微生物学等领域。但DGGE技术存在一定的局限性,有时会造成分析结果的偏差。本文简单概述了DGGE技术的基本原理及其在微生物群落分析中的应用,重点对造成DGGE结果偏差的因素,如DNA提取、PCR扩增、DGGE条件以及DGGE图谱分析等进行讨论,并提出相应的解决措施,旨在对DGGE检测结果的分析提供参考。
引用
收藏
页码:493 / 497
页数:5
相关论文
共 13 条
  • [1] 在PCR-DGGE研究土壤微生物多样性中应用GC发卡结构的效应
    罗海峰
    齐鸿雁
    薛凯
    王晓谊
    王川
    张洪勋
    [J]. 生态学报, 2003, (10) : 2170 - 2175
  • [2] DGGE/TGGE技术及其在微生物分子生态学中的应用
    宫曼丽
    任南琪
    邢德峰
    [J]. 微生物学报, 2004, (06) : 845 - 848
  • [3] 不同16SrDNA靶序列对DGGE分析活性污泥群落的影响
    邢德峰
    任南琪
    宋佳秀
    曲敏
    徐香玲
    [J]. 环境科学, 2006, (07) : 1424 - 1428
  • [4] 利用DGGE评价不同培养基回收番茄根际细菌类群的能力
    孙晓棠
    姚青
    刘琼光
    朱红惠
    [J]. 微生物学报, 2006, (03) : 486 - 490
  • [5] DG-DGGE分析除臭生物滤池微生物多样性
    陈桐生
    李建军
    岑英华
    孙国萍
    [J]. 应用与环境生物学报 , 2006, (01) : 113 - 117
  • [6] Extraction of DNA from soil
    Robe, P
    Nalin, R
    Capellano, C
    Vogel, TA
    Simonet, P
    [J]. EUROPEAN JOURNAL OF SOIL BIOLOGY, 2003, 39 (04) : 183 - 190
  • [7] DGGE fingerprinting of culturable soil bacterial communities complements culture-independent analyses
    Edenborn, S. L.
    Sexstone, A. J.
    [J]. SOIL BIOLOGY & BIOCHEMISTRY, 2007, 39 (07) : 1570 - 1579
  • [8] Extraction and purification of DNA in rhizosphere soil samples for PCR-DGGE analysis of bacterial consortia
    Niemi, RM
    Heiskanen, I
    Wallenius, K
    Lindström, K
    [J]. JOURNAL OF MICROBIOLOGICAL METHODS, 2001, 45 (03) : 155 - 165
  • [9] Application of denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) and temperature gradient gel electrophoresis (TGGE) in microbial ecology[J] . Gerard Muyzer,Kornelia Smalla.Antonie van Leeuwenhoek . 1998 (1)
  • [10] Analysis of bacterial communities in seagrass bed sediments by double-gradient denaturing gradient gel electrophoresis of PCR-amplified 16S rRNA genes
    James, J. B.
    Sherman, T. D.
    Devereux, R.
    [J]. MICROBIAL ECOLOGY, 2006, 52 (04) : 655 - 661