基于EST的猕猴桃SSR标记的建立

利用NCBI公共数据库最新公布的猕猴桃EST(Expressed Sequence Tag)序列,开发猕猴桃的SSR(Simple Se-quence Repeats)标记。对来源于猕猴桃(Actinidia spp.)非冗余EST数据库(NCBI dbEST)的56400条基因序列使用SSRHunter1.3软件进行了SSR筛查,从中共获得了7939条SSR。应用Primer5.0软件设计合成了85对猕猴桃EST-SSR引物,从中筛选出可进行荧光标记的6对引物:Ad01、Ad02、Ad03、Ad09、Ad42、Ad72。利用该6对EST-SSR荧光标记引物在DNA测序仪上对猕猴桃种质的多态性进行了PCR检测,结果表明均能清晰地产生多态性分离。研究结果表明,通过猕猴桃EST数据库的发掘能够有效地筛选到基因水平的SSR标记。