对206个收集自世界各地的双孢蘑菇栽培菌株的总DNA进行大规模的SRAP、ISSR和RAPD分析,共获得15条SRAP、3条ISSR和2条RAPD特异性标记条带。利用这20个标记条带对206个菌株进行统计和聚类分析,获得亲缘关系树状图。结果显示在28%的相似值上,206个菌株可以分为高产型和优质型两大类群。其中,优质类群主要包含优质传统菌株(代表菌株8213、8211)和优质杂交菌株(代表菌株为福建省蘑菇菌种研究推广站选育的As2796、As4607)两大类,高产类群也主要包含高产传统菌株(代表菌株01、02)和高产杂交菌株(代表菌株为荷兰选育的U1、U3)两大类。而在100%相似值上,可分为大小72个类群,每群包含菌株数为1~31不等。